Множественное выравнивание последовательностей.

Задание 1.

В случае невыровненных последовательностей обнаруживается примерно 17% консервативных позиций,когда в самом выравнивании их более 60%.В первом случае омечаются только те консервативные позиции,которые имеют одинаковый порядковый номер.В первом "выравнивании" их гораздо меньше,т.к. при появлении хотя бы 1 гэпа в любой последовтельности, номера всех позиций после него меняются. Поэтому в первом "выравнивании" преобладает преобладает раскраска по 3-4 уровням, а во втором - по 2.
Длина выравнивания во втором случае - 196,а в первом 195(т.е. длина самой длинной последовательности). delta.msf
delta_aligned.msf

Задание 2.

Есть несколько участков с повышенной долей консервативных позиций.Их координаты относително LUXS_BASCU(столбца выранивания) : 4 - 20(8-24),33 - 39(37-43),43 - 44(47-48),48(52),53 - 67(58-72),76 - 94(81-99),101 - 105(106-110),112(117),118 -119(126-127),126 - 138(134-147),140-141(152-153),145(157).
Что касается биологического смысла,было бы логично выровнять все первые метионины,т.к. их кодирует старт-кодон.(но для этого придется поставить очень много гэпов,что сильно испортит вес выравниваня.)