Паттерны и профили.

Упражнение 1.Создание паттернов аминокислотных последовательностей.

Рассмотрим фрагмент с 37-ой по 70-ую позиции выравнивания.

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	V-N-K-F-D-I-R-F-C-Q-P-N-K-Q-A-M-K-P-D-T-I-H-T-L-E-H-L-L-A-F-T-I-R	3	Из выравнивания найдена только последовательность LUXS_BASCU.Две другие последовательности принадлежат белкам бактерий рода Bacillus.
Сильный	[VI]-[NTS]-[KTNV]-[FY]-D-[LI]-R-[FMLV]-[CTVK]-[QSEAIV]-P-N-[KENR]-[QENDS]-x(0,1)-[AIMV]-[MLI]-[SPDGNK]-[PTSAE]-[PADGRK]-[TEAG]-[IVALT]-H-T-[LI]-E-H-[LIT]-[LGAIFY]-A-[FTVGS]-[FTYL]-[LIM]-R	119	Среди найденных есть все последовательности из выравнивания.
Слабый	[VIL]-[NTSQ]-[KTNVQ]-[FY]-D-[LI]-R-x(2,5)-P-N-[KENRQD]-[QENDST]-x(0,2)-[AIMVL]-[MLIV]-X(3,5)-[IVALMTS]-H-T-[LI]-E-H-[LIT]-X(1,2)-A-X(1,3)-[FTYLI]-[LIM]-R	145	Среди найденных есть все последовательности из выравнивания.

Упражнение 2.Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке LUXS_BACSU.

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования протеинкиназы С	паттерн	[ST] - x - [RK]	неспецифична	2
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеинкиназы II	паттерн	[ST] - x(2) - [DE]	неспецифична	3
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристилирования.	паттерн	G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P}	неспецифична	1