Работа с PSI-BLAST.

Задание 1.

Для LUXS_BACSU и SSRP_ECOLI список стабилизируется после 2ой итерации.Уже после первой итерации различие между E-value самой худшей находки выше порога и самой лучшей ниже порога велико(например 5е-13 и 0,1). Поэтому во второй итерации в список попадают только те последовательности,котрые были выше порога в первой.
Для MINC_ECOLI и RP5M_RHIME списки стабилизируются после 6ой и 4ой итераций соответственно. Для RP5M_RHIME различие между E-value самой худшей находки выше порога и самой лучшей ниже порога после первой итерации небольшое(0,005 и 0,12), а после 4ой - достаточно большое(8е-15 и 0,025). Что касается MINC_ECOLI,то после первой итерации различие между E-value самой худшей находки выше порога и самой лучшей ниже порога менее 0,001(поэтому программа округляет оба до 0,005),и после 6ой также доволно небольшое - 0,002 и 0,094. Поэтому этот список вряд ли являесся достоверным.

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
LUXS_BACSU	O34667	2	179	5e-13	0,1	179	4e-41	1,2
MINC_ECOLI	P18196	6	162	0,005	0,005	881	0,002	0,094
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-10	5,4	514	5e-31	0,35
RP5M_RHIME	P17265	4	15	0,005	0,12	25	8e-15	0,025

E-value самой лучшей находки с каждой итерацией увеличивается,у находки чуть выше порога - уменьшается.

Задание 2.

После пятой итерации не стабилизируется список для MINC_ECOLI.После установления порога в 0,001 список стабилизхируется на 3ей итерации.Это происходит из-за того,что на 3-ем шаге явно негомологичная последовательность с E-value=0,004 попадает или не попадает в список,в зависимости от порога. При E-value=0,001, cписок стабилизируется через 4 итерации и включает 188 белков.
Чтобы эта последоаптельность не попадала в список,можно взять E-value<0,004.