|
|
|
Задание 1.ДНК-белковые взаимодействия.
Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1HW2.pdb
Контакты атомов белка с ДНК. |
Полярные |
Неполярные |
Всего |
остатками 2'-дезоксирибозы |
7 |
1 |
8 |
остатками фосфорной кислоты |
15 |
0 |
15 |
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
11 |
21 |
32 |
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
2 |
47 |
49 |
Болше всего контактов между белком и остатками азотистых оснований. Вероятно, это связано со специфичностью данного белка к определенной последовательности ДНК.
Полярных котнактов больше со сторны большой бороздки, а неполярных со стороны маленькой.
Результаты nucplot
Больше всего контактов образует Arg49:B.(4 контакта, не образует ни одной вордородной связи) | Остаток Arg35 - один из наиболее важных для распознавания последовательности ДНК, т.к. образует больше всего связей с азотистыми основаниями. |
 |  |
Предсказание вторичной структуры заданной тРНК.
Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1EIU.pdb
Участок структуры
|
Позиции в структуре (по результатам find_pair)
|
Результаты предсказания с помощью einverted
|
Результаты предсказания по алгоритму Зукера
|
Акцепторный стебель
|
5' 1 - 7 3' 5' 66 - 76 3' Всего 7 пар
|
предсказано 7 пар из реальных 7
|
7
|
D-стебель
|
5' 10 - 25 3'
4 пары + 2 с Т-стеблем + 2 с антикодоновым стеблем
|
0
|
4
|
T-стебель
|
3' 49 - 65 5'
5 пар + 2 с D-стеблем
|
0
|
5
|
Антикодоновый стебель
|
3' 26 - 45 5'
2 пары с D-стеблем
|
0
|
5
|
Общее число канонических пар нуклеотидов
|
20 пар
|
7
|
21
|
Результат предсказания вторичной структуры с помощью алгоритма Зукера.
|