эволюционные домены

Эволюционные домены

Pfam ID выбранного домена : PF03572
Pfam AC : Peptidase_S41(Пептидаза S41)
Входит в состав сериновых протеиназ, встречающихся у эукариот, бактерий, архей и вирусов. В основном это С-концевые пептидазы с различной субстратной специфичностью.
Число последовательностей с доменом PF03572: 4125
Число видов, у которых встречается домен PF03572 : 2509
Среди них :
    1260 Эукариот;
    1234 Бактерии;
    15 Архей;

Рассмотрим взаимодействия между доменом Peptidase_S41 и двумя другими

Оба домена были выбраны исходя из частот встречаемости в последовательностях, содержащих Peptidase_S41.См. лист table PF03572.xls .

PDZ(PF00595) - встречается у архей,бактерий и эукариот в составе регуляторных белков.Состоит из 80-90 аминокислотных остатков, формирующих 6 β-тяжей и 2 α-спирали.C помощью этих структур PDZ-домен может связывать свободную С-концевую карбоксильную группу.

PD40 (PF07676) - домен, состоящий из ~40 аминокислотных остатков, входит в состав белков эукариот,бактерий,архей и вирусов.Этот домен формирует 7-8 лепесковую β-пропеллерную структуру. PD40 встречается в последовательностях как в одном экземпляре, так и в виде множественных повторов(до 16 раз). Подобные структуры часто играют роль сайтов белок-белковых взаимодействий. Часто даже внутри одного организма встречаются последовательности, содержащие несколько повторов домена PD40 (например в Flaveria linearis A4AWP7_9FLAO содержит 2 повтора, A4BWJ0_9FLAO - 3, а A4BZR3_9FLAO - 4 повтора, а во всей выборке последовательностей, содержащих Peptidase_S41, присутствуют белки, содержащие от 1 до 7 PD40 доменов). Поэтому далее под архитектурой "Peptidase_S41 + PD40" будем понимать "Peptidase_S41 + PD40*n", где n в данном случае - от 1 до 4.

Выбранные последовательности :

Выравнивание

синим отмечена доменная архитектура Peptidase_S41 + PDZ
зеленым отмечена доменная архитектура Peptidase_S41 + PD40

PF03572_selection.msf

Дерево, построенное методом Neighbor Joining

Выводы

Архитектура Peptidase_S41 + PDZ судя по всему, образовалась однажды,что видно из дерева (ветви из этой группы образуют отдельный кластер) и выравнивания (большой процент сходств).Это может объясняться тем, что PDZ формирует структуру, способную к связыванию С-концевого карбоксила, что немаловажно для С-концевых пептидаз. 1712 последовательностей из 4125 включают эту архитектуру.
Однако, тоже самое нельзя с уверенностью сказать про Peptidase_S41 + PD40. Исходя из дерева и выравнивания, последовательности внутри этой подгруппы различаются гораздо сильнее, чем последовательности в первой. Эту архитектуру включают 184 последовательности из 4125.