Gene Ontology

 На Главную
Четвертый семестр
     

  1. Заданый белок :

    SwissProt ID LUXS_BACSU
    SwissProt AC O34667

    1. Описание функции белка LUXS_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

      2. Страница UniProt с описанием белка.

        Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
      (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
      Где? C 0  
      Зачем, для чего? P 2 Quorum sensing - способность одноклеточных организмов определять плотность колонии по концентрации сигнальных молекул, которые продуцирует каждая клетка.
      Молекулярный механизм? F 1 Катализирует реакцию : S-(5-дезокси-D-рибозо-5-ил)-L-гомоцистеин = (S)-4,5-дигидроксипентан-2,3-дион + L-гомоцистеин.
      Специфичность? F 1 субстрат - S-(5-дезокси-D-рибозо-5-ил)-L-гомоцистеин

    2. Описание терминов GO

      3. GO ID выбранного термина   Список синонимов   Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
      GO:0043768 exact:
      ribosylhomocysteinase activity
      S-ribosylhomocysteinase activity related:
      3.2.1.148
      S-(5-deoxy-D-ribos-5-yl)-L-homocysteine homocysteine-lyase [(4S)-4,5-dihydroxypentan-2,3-dione-forming]       		S-ribosylhomocysteine lyase activity is_a molecular_function (GO:0003674)
      S-ribosylhomocysteine lyase activity is_a catalytic activity (GO:0003824)
      S-ribosylhomocysteine lyase activity is_a lyase activity (GO:0016829)
      S-ribosylhomocysteine lyase activity is_a carbon-sulfur lyase activity (GO:0016846)
      		 -
      GO:0005506 exact:
      iron binding
      		 iron ion binding molecular_function (GO:0003674)
      iron ion binding is_a binding (GO:0005488)
      iron ion binding is_a ion binding (GO:0043167)
      iron ion binding is_a cation binding (GO:0043169)
      iron ion binding is_a metal ion binding (GO:0046872)
      iron ion binding is_a transition metal ion binding (GO:0046914)
      		 iron chaperone activity (GO:0034986) is_a iron ion binding
      heme binding (GO:0020037) is_a iron ion binding
      ferrous iron binding (GO:0008198) is_a iron ion binding
      ferric iron binding (GO:0008199) is_a iron ion binding
      GO:0009372 exact :
      quorum sensing system
      related:
      		 quorum sensing is_a biological regulation (GO:0065007) quorum sensing is_a regulation of biological quality (GO:0065008) quorum sensing is_a biological_process (GO:0008150) quorum sensing is_a homeostatic process (GO:0042592) quorum sensing is_a homeostasis of number of cells (GO:0048872) quorum sensing is_a multi-organism process (GO:0051704) quorum sensing is_a homeostasis of number of cells in a free-living population (GO:0048874) cell-cell signaling involved in quorum sensing (GO:0010699) part_of quorum sensing interspecies quorum sensing (GO:0052097) is_a quorum sensing intraspecies quorum sensing (GO:0052100) is_a quorum sensing

      GO:0043768 GO:0005506 GO:0009372

  2. Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

    1. Определение числа реальных и гипотетических белков

      2. Заданный таксон : Bos taurus taurus
      Русское название : Корова
      Английское название : cow
      Ранг : species
      NCBI_TaxID : 9913

      Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Bos taurus (по данным UniProt)

        Количество в UniProt Количество в UniRef100
      Существование белка доказано экспериментально 1366 1386
      Известны только соответствующие транскрипты 11881 11693
      Гипотетический белок, предсказан по гомологии 2270 2234
      Иные предсказанные гипотетические белки 18340 17819

  3. Использование GO для работы с массовыми данными

    1. Описание протеома бактерии, полный геном которой секванирован, используя термины GO.

      2. Выбранная бактерия : Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325
      • Число белков протеома - 6988;
      • Хотя бы один термин GO приписан 34,7% записей (2425 записей);
      • Частота встречаемости терминов по словарям :



        Из гистограммы видно, что чаще всего встречается 'F', а реже всего - 'C'.

      • Наиболее часто встречающиеся термины из каждого словаря :



      • Что удивило :
        • Странно, что 'membrane' меньше, чем 'integral to membrane'.
        • 'catalytic activity' меньше, чем, например, 'oxidoreductase activity'.

    2. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

      3. Функция: Трансляция (translation)
      GO ID: GO:0006412
      Словарь: P
      Запрос SRS:
      ([libs={uniprot swissprot sptrembl}-DbName:GO*] &  [libs-DBxref:GO:0006412*])
      (а можно и через QuickGO)
      Кол-во находок: 380309 находок

    3. (*) Определение главной функции в большом списке белков