Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательнсотям. Анализ деревьев, содержащих паралоги.

 На Главную
Назад
     

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Отобранные бактерии :

НазваниеМнемоникаACКоординаты FT
Bacillus anthracisBACANCP0015989233..10741
Bacillus subtilisBACSUAL0091269810..11364
Enterococcus faecalisENTFACP002621213429..214977
Geobacillus kaustophilusGEOKABA00004310421..11973
Lactobacillus acidophilusLACACCP00003359255..60826
Listeria monocytogenesLISMOFM242711234080..235590
Staphylococcus epidermidisSTAESCP000029105734..107287
Thermoanaerobacter tengcongensisTHETNAE00869153858..55384


1. Создание файла с последовательностью рРНК : seqret fasta::embl:CP001598[9233:10741]
2. Выравнивание с помощью muscle : muscle -in 16S.fasta -out 16S_al.fasta
3. По полученному выравниванию была построена матрица расстояний fdnadist :
4.С помощью fneighbor было построено дерево.(16s.fneighbor), (16s.tre)
	
  +-GEOKA  
  ! 
  ! +-----LACAC 
  ! ! 
  1-2   +--LISMO  
  ! ! +-3 
  ! ! ! +--ENTFA
  ! +-4 
  !   !   +--STAES
  !   ! +-5 
  !   +-6 +BACAN  
  !     ! 
  !     +-BACSU  
  ! 
  +------THETN


Данное дерево отличается как от правильного, так и от построенного по белкам :

по 16S рРНК Правильное по 12RS белкам
Правильное по 12RS белкам


Оба дерева сильно отличаются от правильного (нет совпадений по нетривиальным ветвям) и мало похожи между собой (совпадает только ветвь {THETN,GEOKA} против всех).

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Исходное выравнивание, полученное с помощью muscle : clpx.fasta
Далее с помощью fprotpars было построено дерево : 


        +--------------------------------------------NP_622291_THETN 
        !  
        !                                      +-----CLPX_BACSU
        !                                   +--9  
        !                                   !  !  +--NP_846917_BACAN 
        !                             +-----8  +-10  
        !                             !     !     +--YP_148505_GEOKA 
        !                             !     !  
     +--6  +--------------------------7     +--------NP_464793_LISMO 
     !  !  !                          !  
     !  !  !                          !           +--EFV89209_STAES  
     !  !  !                          +-----------5  
     !  !  !                                      +--NP_764904_STAES
     !  !  !  
     !  !  !                                      +--YP_147067_GEOKA
     !  !  !                                   +-17  
     !  !  !                                +-16  +--YP_0042076_BACSU
     !  +--4                                !  !  
     !     !                          +----15  +-----ZP_0039411_BACAN
     !     !                          !     !  
  +--2     !                       +-14     +--------EFR84790_LISMO
  !  !     !                       !  !  
  !  !     !                       !  !           +--EGG72872_STAES  
  !  !     !                 +----12  +----------13  
  !  !     !                 !     !              +--ZP_0661345_STAES
  !  !     !                 !     !  
  !  !     +----------------11     +-----------------NP_623065_THETN 
  1  !                       !  
  !  !                       !                    +--NP_815599_ENTFA
  !  !                       +--------------------3  
  !  !                                            +--ZP_0556575_ENTFA
  !  !  
  !  +-----------------------------------------------YP_193739_LACAC
  !  
  +--------------------------------------------------YP_0042919_LACAC
см. clpx.fprotpars

Паралоги - гомологичные белки из одного организма :

NP_815599_ENTFA и ZP_0556575_ENTFA
YP_193739_LACAC и YP_0042919_LACAС
EGG72872_STAES и ZP_0661345_STAES


Ортологи - гомологичные белки из разных организмов :

CLPX_BACSU и NP_846917_BACAN
YP_147067_GEOKA и YP_0042076_BACSU