Практикум 1. Визуализация молекул в JMol.
CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM VERMINEPHROBACTER EISENIAE EF01-2 (Veis_3954, TARGET EFI-510324) A NEPHRIDIAL SYMBIONT OF THE EARTHWORM EISENIA FOETIDA, BOUND TO (R)-PANTOIC ACID
Просмотр скрипта
Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
# |
Имена атомов |
Длина связи (Å) |
Угол N-O-C (°) |
Альфа-спирали |
|||
1 |
N(187ILE)- O(183ASN) |
3.09 |
157.2 |
2 |
N(189ALA)- O(185VAL) |
2.90 |
159.4 |
3 |
N(186HIS)- O(183ASN) |
2.92 |
141.3 |
Бета-тяжи |
|||
1 |
N(70LYS)- O(36THR) |
2.87 |
163.6 |
2 |
N(74PHE)- O(40ILE) |
2.93 |
160.8 |
3 |
N(72GLN)- O(38MSE) |
2.77 |
157.4 |
Проанализированные примеры водородной связи в молекуле белка согласуются с теоретическими значениями длины водородной связи и N-O-C-угла. Идеальными признаны длина меньше 3.5 ангстрем и угол 180 градусов. Также в ходе выполнения практической работы была обнаружена аминокислота селенметионин.
Белок обнаружен у бактерии Verminephrobacter eiseniae, являющейся симбионтом червя Eisenia Foetida и обитающей в нефридиях.
Литература
Legon, A. C.; Millen, D. J. (1987). "Angular geometries and other properties of hydrogen-bonded dimers: a simple electrostatic interpretation of the success of the electron-pair model". Chemical Society Reviews. 16: 467.
Schramm A, Davidson SK, Dodsworth JA, Drake HL, Stahl DA, Dubilier N (2003). "Acidovorax-like symbionts in the nephridia of earthworms". Environ. Microbiol. 5 (9): 804–9.