Практикум 13. Блоки в множественном выравнивании.

Из-за сомнений по поводу гомологичности белков из практикума 11 мною были взяты для поиска блоков белки мнемоники FLIR_*. К тому же были добавлены белки из поиска BLAST по коду доступа P33135 (FLIR_ECOLI). В поиске указана база данных swissprot, также Escherichia coli исключена из выдачи. Из выдачи BLAST были взяты только белки со схожестью больше около 40%. Можно просмотреть итоговый fasta-файл со всеми последовательностями.

Затем были сделаны выравнивание программой muscle и пометка блоков в Jalview.

Посмотреть выравнивание | Скачать проект Jalview

Было обнаружено 3 блока в основном с функционально консервативными, а не абсолютно консервативными позициями. Были скрыты белки FLIR_BORBU и FLIR_BACSU, так как без них выравнивание выглядит убедительнее. Если же оставить только белки из выдачи BLAST, то можно будет увереннее говорить о гомологичности белков в выравнивании, но изначально хотелось проверить гомологичны ли именно FLIR_ECOLI и FLIR_BACSU. Сами блоки расположены не рядом друг с другом, но достаточно близко, чтобы предполагать гомологию.

Выравнивание показывает, что FLIR_ECOLI и FLIR_BACSU скорее всего не гомологичны, так как последовательность FLIR_BACSU не вписывалась в выравнивание для разметки блоков. То же самое можно сказать про FLIR_BORBU, в меньшей степени это касается остальных белков, взятых не из BLAST. Гомология белков из BLAST вызывает гораздо меньше сомнений.