Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Задание 1.

Для построения филогенетического дерева было выбрано 7 бактерий из предложенного списка. Названия и мнемоники выбранных бактерий приведены в таблице 1, филогенетическое дерево на рисунке 1.

Таблица 1. Отобранные для анализа бактерии.

Название	Мнемоника	Тип	Класс	Порядок	Семейство	Род	Группа видов
Agrobacterium fabrum	AGRFC	Proteobacteria	Alphaproteobacteria	Rhizobiales	Rhizobiaceae	Agrobacterium	Agrobacterium tumefaciens complex
Rhizobium meliloti	RHIME					Sinorhizobium	Н/Д
Brucella suis	BRUSU				Brucellaceae	Brucella	Н/Д
Neisseria meningitidis	NEIMA		Betaproteobacteria	Neisseriales	Neisseriaceae	Neisseria	Н/Д
Escherichia coli	ECOLI		Gammaproteobacteria	Enterobacterales	Enterobacteriaceae	Escherichia	Н/Д
Proteus mirabilis	PROMH				Morganellaceae	Proteus	Н/Д
Yersinia pestis	YERPE				Yersiniaceae	Yersinia	Yersinia pseudotuberculosis complex

Скобочная формула дерева:
((((YERPE,ECOLI),PROMH),NEIMA),((AGRFC,RHIME),BRUSU));

Нетривиальные ветви:

{YERPE, ECOLI} против {PROMH, NEIMA, AGRFC, RHIME, BRUSU}

{YERPE, ECOLI, PROMH} (=Gammaproteobacteria) против {NEIMA, AGRFC, RHIME, BRUSU}

{YERPE, ECOLI, PROMH, NEIMA} против {AGRFC, RHIME, BRUSU} (=Alphaproteobacteria)

{YERPE, ECOLI, PROMH, NEIMA, BRUSU} против {AGRFC, RHIME} (=Rhizobiaceae)