Практикум 12. Метаболические пути.
Метаболический путь 00660 (KEGG) - метаболизм С5-разветвлённых двуосновных кислот.
1. Была получена схема референсного пути (Рис. 1).
Рис.1
Референсный путь.
2. В пути была отмечена реакция R00262 (Рис.2).
Рис.2
Фрагмент пути с отмеченной красным цветом реакцией.
3. Реакция R00262 описывает обратимое превращение L-трео-3-метиласпарата в L-глуамат (Рис. 3).
Рис.3
Схема реакции R00262.
4. Реакцию катализирует фермент 5.4.99.1 (methylaspartate mutase - одно из названий).
5. Функции фермента по уровням номенклатуры:
5 - изомераза
4 - внутримолекулярная трансфераза
99 - передача прочих групп
1 - метиласпаратмутаза
6. Показаны метаболические пути для летучей мыши ямайского листоноса, Artibeus jamaicensis, (Рис. 4) и арабидопсиса, Arabidopsis thaliana (Рис. 5). Зелёным цветом обозначены обнаруженные в организмах фрагменты пути.
Рис.4
Путь 00660 для Artibeus jamaicensis.
Рис.5
Путь 00660 для Arabidopsis thaliana.
Для арабидопсиса (KEGG GENOME) известно 134 метаболических путей, 27636 белковых генов, 1066 РНК генов.