Практикум 8. REBASE, PSI-BLAST.
Задание 1. Недопредставленность сайтов рестрикции.
Была выбрана цианобактерия Anabaena species WA102.
Сайты рестриктаз были отобраны скриптом (sites.list).
Далее использовалась программа cbcalc с параметрами: cbcalc anabaena.fasta --burge -o out.tsv -s sites.list
Для отбора наиболее недопредставленных сайтов использован порог контраста 0.8. Были отобраны все сайты, для которых есть рестриктазы в бактерии. Сортировка: sort -k2,2 get_sites.out | uniq > result.out
Команда: cut -f 5 TypeII_REs.tsv | paste - TypeII_REs.tsv | grep -E "no" | cut -f 2- > 08_less.out
С помощью скрипта был получен итоговый перечень рестриктаз (файл).
Задание 2. PSI-BLAST.
Для задания был выбран AC P0AD49, ассоциированный с рибосомой ингибитор А. Был осуществлён запуск PSI-BLAST по базе swissprot. Функция этого белка состоит в регуляции трансляции через предотвращение образования димера 70S. Результат запусков описан в таблице и на Рис. 1.
Рисунок 1. Итеративный запуск PSI-BLAST.
Результат оказался удовлетворительным на третьей итерации. По разности в E-value на первой итерации и по скорости схождения можно говорить, что семейство белков хорошее.