При запуске BLAST были заданы следующие параметры:
Всего по результатам запроса было 36 белков в выдаче.
Для множественного выравнивания были выбраны белки:
Множественное выравнивание проводилось в программе Jalview алгоритмом muscle. Выравнивание показывает высокое сходство последовательностей, так как оно имеет очень много консервативных участков,гэпы находятся только в начале и конце, поэтому можно сделать вывод о том, что белки выранивания являются гомолагами, что подтверждается крайне низкими значениями E-value.
В качестве полипротеина был выбран геномный полипротеин вируса свекловичной мозаики:
Среди 10 белков, на которые разрезается зрелый полипротеин был выбран капсидный белок (Capsid protein), имеющий координаты 2810-3085.
Для капсидного белка был выполнен поиск гомологов с теми же параметрами, что и в первом задании, без указания организма. Всего по результатам запроса было найдено 49 последовательностей (результат поиска).
Для множественного выравнивания были выбраны:
В множественном выравниваним 6 белков, включая исходный белок,видна негомологичность белка P32576.1, так как в нем очень мало консервативных позиций, в отличие от остальных белков, в которых имеются очень крупные консервативные участки. Поэтому было выполнено еще одно выравнивание без негомологичного белка. У получившегося выравнивания хорошо видна высокая схожесть последовательностей, так как показано много высококонсервативных участков.
При повторении запроса из предыдущего задания с теми же параметрами, но с ограничением поиска по вирусами, список содержал такое же количество находок, но значение E-value у белка Q6XW15.1 понизилось с 4e-174 до 2e-175, то есть в 20 раз, значит, доля вирусных белков в Swissprot 5%.