Выравнивание геномов

Для поиска геномов для выравнивания я использовала запрос Rhodococcus с фильтрами Reference и chromosome+.

Самой интересной парой (относительно сравнения выдачи megablast и blastn) среди выравниваний разных комбинаций геномов видов данного рода оказалась Rhodococcus ruber и Rhodococcus erythropolis (относятся к разным веткам филогенетческого дерева внутри одного рода [1]). Для выравнивания я взяла хромосому Rhodococcus ruber с AC в RefSeq: NZ_CP044211.1 и хромосому Rhodococcus erythropolis с AC в RefSeq: NZ_CP007255.1.

Рис1. Карта локального сходства хромосом Rhodococcus ruber(горизонтальная ось) и Rhodococcus erythropolis(вертикальная ось), постороенная с помощью megablast
Рис1. Карта локального сходства хромосом Rhodococcus ruber(горизонтальная ось) и Rhodococcus erythropolis(вертикальная ось), постороенная с помощью blastn

По картам локального сходства можно сделать вывод, что точки начала последовательностей взяты разные, так как выравниваются два крупных участка, образующих две параллельные прямые на карте:

  • 0-1000К в хромосоме Rhodococcus ruber с 0К-500K в хромосоме Rhodococcus erythropolis
  • 1000К-5488К в хромосоме Rhodococcus ruber с 500К-6237K в хромосоме Rhodococcus erythropolis

Так же по углу наклона "основной" прямой видно, что цепь хромосомы Rhodococcus ruber выравнена с комплиментарной цепью хромосомы Rhodococcus erythropolis.

Анализируя карту сходства можно заметить три последовательные инверсии: 1350К-4700К, 2500К-3700К, 3000К-3200К (по координатам хромосомы Rhodococcus ruber).

Список литературы

  1. Hanna Busch, Fabio Tonin, Natália Alvarenga, Marcel van den Broek, Simona Lu, Jean-Marc Daran, Ulf Hanefeld, Peter-Leon Hagedoorn "Exploring the abundance of oleate hydratases in the genus Rhodococcus—discovery of novel enzymes with complementary substrate scope", Applied Microbiology and Biotechnology (2020) 104:5801–5812 DOI:10.1007/s00253-020-10627-7