A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1

Файлы с дуплексами ДНК:

Задание 2

Выбранным азотистым основанием был гуанин DG5 в В-форме (1bna)

  • В сторону большой бороздки обращены атомы G5.N7, G5.C5, G5.C6, G5.O6, G5.C8 (окрашены в красный)
  • В сторону малой бороздки обращены атомы G5.N2, G5.C2, G5.N3, G5.C4, G5.N9 (окрашены в синий)

А-форма В-форма Z-форма
Тип спирали правая правая правая
Шаг спирали (Å) 30.89 33.08 41.38
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 13.26 (P2-P6) 15.08 (P6-P24) 23.51 (P6-P30)
Ширина малой бороздки 16.05 (P7-P14) 9.99 (P8-P21) 14.37 (P12-P35)

Задание 3

Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.

Для анализа пространственной структуры тРНК была выполнена следующая команда:

find_pair -t 1n78.pdb stdout | analyze

Полученный результат

Номера нуклеотидов, образующих стебли(stems) во вторичной структуре заданной тРНК:

  • Strand I: (501-507), (549-553), (538-544), (510-513)
  • Strand II:(572-566), (565-561), (532-526), (525-522)

Неканонические пары оснований в структуре тРНК:

  • G502-U571
  • U555-G518
  • A538-C532
  • A544-C526
  • U513-G522
  • A514-A521

Дополнительные водородные связи в тРНК:

  • [U554-A558]
  • [C555-G518]
  • [U508-A546]
  • [A514-A521]
  • [G515-C548]
  • [G519-C556]