Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса
Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Упр.1
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair ) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 501-507 и 566-572 (7 пар) | Предсказано 5/7 | 501-507 и 566-572 (7/7) |
| D-стебель | 510-513 и 522-525 (4 пары) | - | 509-513 и 522-526 (4/4) |
| T-стебель | 549-553 и 561-565 (5 пар) | Предсказано 5/5 | 549-553 и 561-565 (5/5) |
| Антикодоновый стебель | 538-544 и 526-532 (7 пар) | - | 539-543 и 527-531 (5/7) |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 10 | 22 |
Упр.2
Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Cкрипт-файл 1 с определениями множеств:
- множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1)
- множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2)
- множество атомов азота в азотистых основаниях (set3)
Cкрипт-файл 2, вызов которого в JMol даст последовательное (с паузами!) изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 14 | 136 | 150 |
| остатками фосфорной кислоты | 22 | 27 | 49 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 22 | 22 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 7 | 12 | 19 |
В результате подсчета, было выявлено, что во взаимодействие ДНК с белком преобладающий вклад вносят неполярные контакты, причем большая бороздка образует немного большее конличество контактов всех типов, чем малая.
С помощью программы nucplot была получена карта ДНК-белковых взаимодействий.
Больше всего контактов образуют серин 176 (с цитозином 47 и с остатком дезоксирибозы 48 нуклеотида в цепи С ДНК), пролин 199 (с цитозином 13 и остатками дезоксирибозы следующего нуклеотида), а также аспарагин 175 (с фосфатами 7 и 8 нуклеотида в цепи B ДНК).
