Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Задание 1

Отобранные бактерии

Название	Мнемоника	Таксономия NCBI
Bifidobacterium longum	BIFLO	Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium
Corynebacterium diphtheriae	CORDI	Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium
Corynebacterium efficiens	COREF	Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium
Leifsonia xyli	LEIXX	Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Micrococcales; Microbacteriaceae; Leifsonia
Mycobacterium leprae	MYCLE	Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Mycobacteriaceae; Mycobacterium
Rubrobacter xylanophilus	RUBXD	Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Rubrobacteria; Rubrobacterales; Rubrobacteraceae; Rubrobacter
Streptomyces avermitilis	STRAW	Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Kitasatosporales; Streptomycetaceae; Streptomyces

Скобочная формула дерева

((((LEIXX, BIFLO), STRAW), (MYCLE, (COREF, CORDI))), RUBXD);

Ветви дерева

Дерево содержит четыре нетривиальные ветви:

1. {LEIXX, BIFLO} против {STRAW, MYCLE, COREF, CORDI, RUBXD}
2. {LEIXX, BIFLO, STRAW} против {MYCLE, COREF, CORDI, RUBXD}
3. {COREF,CORDI} против {STRAW, MYCLE, BIFLO, LEIXX, RUBXD}
4. {COREF,CORDI, MYCLE} против {STRAW, BIFLO, LEIXX, RUBXD}

Таксоны, соответствующие нетривиальным ветвям

• {COREF,CORDI} - род Corynebacterium
• {COREF,CORDI, MYCLE} - порядок Mycobacteriales

Изображение дерева