Практикум 4

Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Поиск гомолога белка CLPX_ECOLI осуществлялся среди отобранных бактерий:

Название	Мнемоника
Bifidobacterium longum	BIFLO
Corynebacterium diphtheriae	CORDI
Corynebacterium efficiens	COREF
Leifsonia xyli	LEIXX
Mycobacterium leprae	MYCLE
Rubrobacter xylanophilus	RUBXD
Streptomyces avermitilis	STRAW

Протеомы были объединены в файл all.fasta командой

cat ./proteomes/*.fasta > all.fasta

Поиск гомологов с помощью blastp был осуществлен командами:

makeblastdb -dbtype prot -in all.fasta

blastp -query CLPX_ECOLI.fasta -evalue 0.001 -outfmt 7 -db all.fasta 1>> out.txt

В результате были получены следующие 24 находки:

CLPX_STRAW	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
Q1AVT0_RUBXD	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
CLPX_MYCLE	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
CLPX_COREF	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
CLPX_CORDI	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
CLPX_LEIXX	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
CLPX_BIFLO	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
Q1AU05_RUBXD	ATPase AAA-2
Q8G871_BIFLO	Protease
Q8FMH5_COREF	Putative endopeptidase Clp ATP-binding chain C
Q6NFB1_CORDI	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
Q1AY82_RUBXD	ATPase AAA-2
RUVB_BIFLO	Holliday junction branch migration complex subunit RuvB
Q6ACQ0_LEIXX	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Q8G3S2_BIFLO	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Q82QV8_STRAW	Putative AAA family ATPase
Q82EE9_STRAW	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Q82EB8_STRAW	Putative ATP-dependent Clp protease
FTSH_RUBXD	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Q6NF92_CORDI	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
FTSH_MYCLE	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
CLPC_MYCLE	Probable ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
Q6NGK1_CORDI	AAA+ ATPase domain-containing protein
Q8FMG2_COREF	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

2. Реконструкция и визуализация

Все последовательности находок были объединены в fasta-файл и по нему было реконструировано дерево найденных гомологов программой FastME c параметрами: "Gamma distributed rates across sites" — No, "Starting tree" — BIONJ, "No refinement", 100 бутстреп реплик.

Полученное дерево в Newick формате.

Полученное дерево было переукренено в среднюю точку. Также были добавлены значения бутстреп‑поддержки.

Ортологи в полученном дереве:

• CLPX_STRAW и CLPX_MYCLE
• Q6ACQ0_LEIXX и Q8G3S2_BIFLO
• Q8FMG2_COREF и Q6NF92_CORDI

Паралоги в полученном дереве:

• Q8G3S2_BIFLO и CLPX_BIFLO
• Q1AVT0_RUBXD и FTSH_RUBXD
• CLPX_COREF и Q8FMG2_COREF