Практикум 1. PyMOL

Задание 1

Нашла 5mos на PDB. Это катионный трипсин в комплексе с N-амидинопиперидином крупного рогатого скота. Трипсин — фермент класса гидролаз, расщепляющий пептиды и белки; обладает также эстеразной (гидролиз сложных эфиров) активностью. Трипсины относятся к группе сериновых протеаз и содержат в активном центре остатки серина и гистидина. N-амидинопиперидин может ингибировать активность трипсина.

Рис 1. Взаимодействие трипсина с N-амидинопиперидином через 3 водородные связи (желтые линии) с остатками аспартата 189 и серина 190. Пи-стекинг и солевые мостики не обнаружены.

Ссылка на сессию PyMOL.

Задание 2

В этом задании визуализирована электронная плотность вокруг лиганда.

Рис 2. Визуализация электронной плотности лиганда и остатков кармана связывания с уровнем подрезки 1.

Ссылка на сессию PyMOL.

Покрытие электронной плотности лигана лучше, чем окружающих аминокислотных остатков.