Поиск по PDB и содержание PDB файлов

Occupancy

Необходимо было найти pdb файл, в котором есть атомы с коэффициентом Occupancy, не равным 1. Для этого в БД PDBe был произведен расширенный поиск с параметрами "Experimental method: x-ray diffraction" и "Resolution ≤ 1". В результате была выбрана структура 4RI1. Найденные строчки:

ATOM 1323 C BGLU A 158 2.159 -14.202 -53.415 0.49 47.95 C
ATOM 1324 O AGLU A 158 3.018 -14.433 -52.540 0.51 48.33 O
ATOM 1325 O BGLU A 158 3.052 -14.428 -52.591 0.49 46.70 O
ATOM 1326 CB AGLU A 158 0.385 -15.927 -53.806 0.51 54.95 C
ATOM 1327 CB BGLU A 158 0.395 -15.933 -53.811 0.49 55.08 C

Missing residues

Для этого задания был произведен расширенный поиск с параметром "Resolution ≥ 3" и выбранная структура 5W1D. Найденные строки:

REMARK 465 MISSING RESIDUES
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)
REMARK 465
REMARK 465   M RES C SSSEQI
REMARK 465     MET A   372
REMARK 465     ALA A   373
REMARK 465     SER A   374
REMARK 465     THR A   375
REMARK 465     MET A   376
REMARK 465     ASP A   409

Wild type vs Crystal

C PDB структурой белка связаны три последовательности: (1) последовательность природного белка из Uniprot; (2) последовательность белка, который кристаллизовали (может отличаться наличием тэгов, быть частью природного белка); (3) та часть последовательности (2), которую удалось кристаллизовать. В данном пункте необходимо привести один пример, в котором (1) и (2) не совпадают. Для этого в БД RCSB PDB был проведен расширенный поиск с параметрами "EXPERIMENTAL METHOD: X-ray" и "SEQUENCE FEATURES: Wild Type protein" и выбрана структура 5Y49. Найденные строчки:

DBREF  5Y49 A  255   481  UNP    Q96RI1   NR1H4_HUMAN    255    481
DBREF  5Y49 B  255   481  UNP    Q96RI1   NR1H4_HUMAN    255    481
DBREF  5Y49 D  686   696  UNP    Q15596   NCOA2_HUMAN    741    751
DBREF  5Y49 E  686   696  UNP    Q15596   NCOA2_HUMAN    741    751
SEQADV 5Y49 LEU D  688  UNP  Q15596    ALA   743 CONFLICT
SEQADV 5Y49 LEU E  688  UNP  Q15596    ALA   743 CONFLICT
SEQRES   1 A  227  LEU THR PRO ASP GLN GLN THR LEU LEU HIS PHE ILE MET
SEQRES   2 A  227  ASP SER TYR ASN LYS GLN ARG MET PRO GLN GLU ILE THR
SEQRES   3 A  227  ASN LYS ILE LEU LYS GLU GLU PHE SER ALA GLU GLU ASN
SEQRES   4 A  227  PHE LEU ILE LEU THR GLU MET ALA THR ASN HIS VAL GLN
SEQRES   5 A  227  VAL LEU VAL GLU PHE THR LYS LYS LEU PRO GLY PHE GLN

Худший и лучший B-фактор

Рассматриваемая структура: 6MU9. Найденные строчки с лучшим и худшим В-фактором:

ATOM    424  N   VAL A  96       2.031   6.550  -5.134  1.00  2.91           N
ATOM     46  NH1AARG A  51       2.541 -17.997  25.910  0.60 27.67           N

Источники:

[1] Wiki