Для работы был выбран эукариотический фактор инициации, чья структура была
расшифрована методом РСА (PDB ID:
1IPB) и
ЯМР (PDB ID: 2GPQ).
Разрешение структуры РСА 2 Å, количество моделей в структуре
ЯМР 10.
На рис.1 показано наложение структур, полученных обоими
методами: ЯМР структура показана розовым, голубым одна из моделей ЯМР структуры.
Видно, что в целом структуры похожи; сильные отличия видны в подвижных петлях и
еще небольшие отличия видны в некоторых элементах вторичной структуры.
Рис.1. Наложение структур, полученных с помощью РСА
(розовый) и ЯМР (голубой) экспериментов.
Водородные связи
Будем считать, что между донором и акцептором протона есть
водородная связь, если расстояние между ними ≤ 3,5 Å. Для
изучения были выбраны три водородные связи: в бета-листе,
в ядре, в петлях на поверхности. Взаимодействующие остатки
показаны на рис. 2, 3, 4 соответственно, а в таблице 1 приведено
описание рассмотренных связей.
Рис.2. Водородная связь в альфа-спирали(1).
Рис.3. Водородная связь в боковых цепях бета-листа(2).
Рис.4. Водородная связь в свободной петле(3).
Hydrogen bond ID
Distance in X-Ray
Number (per cent) of NMR models with the bond
Min., max. and median distance in NMR
1
2.9
10 (100%)
2.8, 2.9, 2.9
2
2.7
0 (0%)
-
3
3.1
0 (0%)
-
Таким образом, во всех ЯМР моделях присутствуют связь 1,
локализованная в альфа-спирали. Связи 2 и 3 не обнаружены в
моделях ЯМР, что выглядит логично, так как они локализованы
в очень подвижной петле и боковой цепи подвижного бета-листа. Расстояния между взаимодействующими
атомами относительно сравнимы, но делать выводы по одной измеренной связи довольно трудно.
