Для анализа был взят белок, который используется в других практикумах этого семестра - 4U63.
Исследуемый мономер показан на рис.1 и покрашен
в соответствие со вторичными структурами.
Вторичные структуры определялись с помощью программ
DSSP и Stride, установленных на kodomo. Полученные файлы с
результатами: Stride.txt,
DSSP.txt. Эти файлы сравнивались с
файлом pdb: 4u63.pdb.
Рис.1. Вторичные структуры в составе исследуемого белка
4U63
Для анализа были выбраны две альфа-спирали и один бета тяж. На рисунке 2 представлены границы
для этих элементов из PDB-файла, на рисунке 3 - из выдачи команды stride -o 4u63.pdb.
Рис.2. Границы элементов вторичной структуры из PDB-файла
Рис.3. Границы элементов вторичной структуры из результата работы алгоритма stride
Исходя из данных, указанных в файлах, в целом, бета-листы определяются более
похожим способом, нежели альфа-спирали. Однако при разметке алгоритмом stride были потеряны 8 аминокислотных
остатков, которые включены в состав бета-листа в PDB-файле.
В случае альфа-спиралей разметка может быть сдвинута на несколько аминокислотных остатков,
возможно это результат настроек разных алгоритмов, при которых малоструктурированные концы
спиралей включаются в ее состав или нет.
