Совмещение структур


Для работы использовался поиск по сходству структур в PDBeFold для структуры исследуемого белка(4u63): таблица с находками. Из находок были выбраны структуры для 2-х гомологов(1u3c:A, 1u3d:A), для выбора использовался порог по RMSD (от 0,8 до 2,5) и по длине выравнивания (50% от длины белка). Fasta-файл с множественным выравниванием структур доступен по ali.fasta. Характеристики полученного выравнивания можно найти на странице с результатами. На рис.1 — показано совмещение структур. На рис.2 можно увидеть структурное выравнивание.





Рис. 1. Совмещение выровненных структур





Рис. 2. Полученное множественное структурное выравнивание


Далее с помощью JalView было получено изображение структурного выравнивания, показанное на рис. 3, а также было построено выравнивание соответствующих белковых последовательностей алгоритмом Muscle, представленное на рис. 4 (итоговый проект с выравниваниями.


Рис. 3. Полученное множественное структурное выравнивание


Рис. 4. Полученное множественное выравнивание последовательностей

В целом оба выравнивания довольно схожи, большинство отличий наблюдается на границах вторичных структур, а ткже в самом начале. также наблюдается высокий уровень гомологии выбранных последовательностей 1u3c и 1u3d.

Источники:

© Avdiunina Polina, 2017