Для поиска гидрофобных кластеров использовался сервис
CluD.
Для анализа был взят белок, который используется в практикумах ранее(4U63). Сначала программа
была запущена с параметрами по умолчанию. В результате было найдено 12 кластеров,
2 из них содержали более 10-ти атомов и распределялись аналогично элементам вторичной структуры в белке.
На рис. 1 можно увидеть распределение гидробных ядер: синее состоит из 107 атомов и находится вдоль поверхности
единственного бета-листа в структуре(рис. 2). Оранжевое ядро, состоящее из 872 атомов, распределено по альфа-спиралям структуры и одновременно
контактирует с обратной стороной бета-листа.
Рис.1. Два кластера в исследуемой структуре белка 4U63
Рис.2. Гидрофобный кластер бета-листа
На рис. 1 видно, что оранжевый гидрофобный кластер занимает почти все внутреннее пространство белка, и выделить функциональные
участки довольно трудно. Для получения интерпретируемых результатов были изменены параметры: Distance threshold 4.0 Å, Show clusters not smaller 10.
В результате было найдено 10 кластеров, которые отображены на Рис. 3.
Кластеры расположены между α-спиралями внутри белка, а также между бета-листом и окружающими его альфа-спиралями, что позволяет утверждать,
что расположение элементов вторичной структуры поддерживается гидрофобными взаимодействиями.
Рис.3. Отобранные гидрофобные кластеры, стабилизирующие структуру белка
Поиск гидрофобных кластеров в комплексе белка с ДНК
Для работы была выбрана структура 3HDD, предложенная для анализа в практикуме №2. На Рис. 4 представлено изображение выбранного комплекса.
Сервис CluD для данной структуры был запущен с параметрами Distance threshold 5.4 Å, Show clusters not smaller 3.
В результате было обнаружено 27 кластеров, и из них были отобраны 11 кластеров. Изображение с отобранными кластерами представлено на Рис. 5.
Почти все из отобранных кластеров локализованы между элементами вторичной структуры полипептидных цепей. Эта картина аналогична той, что
наблюдалась в распределении гидрофобных кластеров в структуре 4U63: гидрофобные взаимодействия стабилизируют расположение элементов вторичной
структуры друг относительно друга. Также были обнаружены и визуализированы кластеры, локализованные на ДНК и участках взаимодействия ДНК с белком.
