Практикум 10

Резюме: В ходе выполнения этого практикума были проанализированы карты локального сходства для двух последовательностей, построенные Megablast и BLASTN.


После очень долгого поиска подходящих последовательностей, я наконец остановился на последовательностях хромосом Campylobacter concisus и Campylobacter curvus - двух близких видов из одного рода [источник]. Сначала я нашел сборки в NCBI Genome, потом перешел на страницы записей в NCBI Nucleotide (AC NZ_CP012541.1 и NZ_CP053826.1 соответственно). Далее с помощью веб-интерфейса BLAST были построены карты локального сходства для этих двух последовательностей (Рис. 1,2).


Рис. 1. Dotplot, построенный с помощью megablast

Рис. 2. Dotplot, построенный с помощью blastn

Программа megablast нужна для поиска практически идентичных участков, blastn, наоборот, более чувствительна. Поэтому, megablast может пропустить многие интересные области. Например, участок, обозначенный стрелкой явно различим только на графике, построенным программой blastn. С другой стороны на графике blastn гораздо больше "шума".

Геномные перестройки

На карте локального сходства, построенного blastn отмечу примеры понятных мне (надеюсь) геномных перестроеек (Рис. 3):

Рис. 3. Геномные перестройки

Красным цветом выделены транслокации с инверсией
Синим цветом выделена просто траслокация
Зеленым цветом показан индель (в данном случае - либо инсерция в нижней последовательности, либо делеция в правой)
Фиолетовым прямоугольников выделены повторы (не геномная перестройка + я не уверен, так как мало точек, но вроде похоже)