Практикум 3
Резюме: В ходе работы над данным практикумом были освоены базовые навыки работы с 3D-структурами нуклеиновых кислот и пакетом программ 3DNA
Задание 1
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc". Ссылки на файлы: A-форма, B-форма, Z-форма.
Задание 2
Я выбрал B-форму и для нее определил ориентацию атомов гуанина относительно большой и малой бороздок (Рис. 1):
Направлены в сторону малой бороздки: G9.N2, G9.N3, G9.N9, G9.C2, G9.C4
Направлены в сторону большой бороздки: G9.N7, G9.O6, G9.C5, G9.C6, G9.C8,
где [G]9 - номер выбранной позиции.
Характеристики разных форм ДНК приведены в таблице 1.
Таблица 1. Параметры A, B и Z форм ДНК
| Форма | Тип спирали | Шаг спирали (Å) | Число оснований на виток | Ширина большой бороздки | Ширина малой бороздки |
|---|---|---|---|---|---|
| A-форма | правая | 28 | 11 | 17.2 (A/A12 - B/C32) | 7.9 (A/A2 - B/C33) |
| B-форма | правая | 33 | 10 | 18.0 (A/A6 - B/T32) | 11.7 (A/C12 - B/G33) |
| Z-форма | левая | 43.5 | 12 | 23.0 (A/C2 - B/G15) | 8.7 (A/G7 - B/G19) |
Задание 3
Мне досталась структура 1n78. С помощью программ пакета 3DNA были определны некоторые параметры структуры тРНК. Использованный конвеер:
find_pair -t 1n78_old.pdb stdout | analyzeПолучилось много файлов, нам интересен 1n78_old.out. Посмотрев в него можно узнать следующую инфрмацию:
Номера нуклеотидов образующих стебли: (1-7 и 66-72); (10-13 и 22-25); (26-32 и 38-44); (48-52 и 60-64).
Неканонические пары: 2G-U71, 54U-A58, 55U-G18, 38A-C32, 44A-G26, 13U-G22, 08U-A46, 14A-A21, 15G-C48
Дополнительные водородные связи (вне стеблей): 55U-G18, 15G-C48, 19G-C56, 14A-A21, 08U-A46