Практикум 1
Резюме: В ходе работы над данным практикумом были выбраны 14 представителей таксона Panarthropoda и на основе их таксономии построено филогенетическое дерево. Продолжение работы с этими организмами и построение деревьев на основе выравниваний последовательностей цитохрома B - 2 практикум.
Выбор таксона
Мне очень захотелось выбрать пчел, но я с ужасом обнаружил, что в SwissProt из всех Стебельчатобрюхих (Apocrita) есть только цитохром B Медоносной пчелы (Apis mellifera). Из огромнейшего таксона Насекомые (Insecta sensu stricto) в SwissProt есть всего 14(!) последовательностей цитохромов B (и то 6 из них приналдежат дрозофилам). Поэтому я решил расширить таксон поиска до Panarthropoda - "Надчленистоногие", который помимо Членистоногих в классическом понимании содержит еще Онихофор и Тихоходок (правда последовательностей последних не нашлось). Для Panarthropoda в SwissProt нашлось 18 последовательностей цитохромов B, но 4 из 6 дрозофил я откинул.
Таблица. Отобранные животные, их таксономия и мнемоники
| Вид | Таксономия | Мнемоника |
| Drosophila melangaster | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Insecta; Dicondylia; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Diptera; Brachycera; Muscomorpha; Eremoneura; Cyclorrhapha; Schizophora; Acalyptratae; Ephydroidea; Drosophilidae; Drosophilinae; Drosophilini; Drosophila; Sophophora; melanogaster group; melanogaster subgroup | DROME |
| Drosophila simulans | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Insecta; Dicondylia; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Diptera; Brachycera; Muscomorpha; Eremoneura; Cyclorrhapha; Schizophora; Acalyptratae; Ephydroidea; Drosophilidae; Drosophilinae; Drosophilini; Drosophila; Sophophora; melanogaster group; melanogaster subgroup | DROSI |
| Cochliomyia hominivorax | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Insecta; Dicondylia; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Diptera; Brachycera; Muscomorpha; Eremoneura; Cyclorrhapha; Schizophora; Calyptratae; Oestroidea; Calliphoridae; Chrysomyinae; Chrysomyini; Cochliomyia | COLHO |
| Aedes aegypti | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Insecta; Dicondylia; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Diptera; Nematocera; Culicomorpha; Culicoidea; Culicidae; Culicinae; Aedini; Aedes; Stegomyia | AEDAE |
| Anopheles quadrimaculatus | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Insecta; Dicondylia; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Diptera; Nematocera; Culicomorpha; Culicoidea; Culicidae; Anophelinae; Anopheles; Anopheles; Angusticorn; Anopheles; maculipennis group; maculipennis subgroup; quadrimaculatus species complex | ANOQU |
| Anopheles gambiae | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Insecta; Dicondylia; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Diptera; Nematocera; Culicomorpha; Culicoidea; Culicidae; Anophelinae; Anopheles; Cellia; Pyretophorus; gambiae species complex | ANOGA |
| Samia ricini | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Insecta; Dicondylia; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Amphiesmenoptera; Lepidoptera; Glossata; Neolepidoptera; Heteroneura; Ditrysia; Obtectomera; Bombycoidea; Saturniidae; Saturniinae; Attacini; Samia | SAMRI |
| Ostrinia nubilalis | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Insecta; Dicondylia; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Amphiesmenoptera; Lepidoptera; Glossata; Neolepidoptera; Heteroneura; Ditrysia; Obtectomera; Pyraloidea; Crambidae; Pyraustinae; Ostrinia | OSTNU |
| Apis mellifera ligustica | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Insecta; Dicondylia; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Hymenoptera; Apocrita; Aculeata; Apoidea; Anthophila; Apidae; Apinae; Apini; Apis; Apis mellifera | APILI |
| Locusta migratoria | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Insecta; Dicondylia; Pterygota; Neoptera; Polyneoptera; Orthoptera; Caelifera; Acrididea; Acridomorpha; Acridoidea; Acrididae; Oedipodinae; Locusta | LOCMI |
| Tetrodontophora bielanensis | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Hexapoda; Collembola; Poduromorpha; Poduroidea; Onychiuridae; Tetrodontophorinae; Tetrodontophora | TETBI |
| Artemia franciscana | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Mandibulata; Pancrustacea; Crustacea; Branchiopoda; Sarsostraca; Anostraca; Artemiidae; Artemia | ARTSF |
| Rhipicephalus sanguineus | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Arthropoda; Chelicerata; Arachnida; Acari; Parasitiformes; Ixodida; Ixodoidea; Ixodidae; Rhipicephalinae; Rhipicephalus; Rhipicephalus; Rhipicephalus sanguineus group | RHISA |
| Epiperipatus biolleyi | Eumetazoa; Bilateria; Protostomia; Ecdysozoa; Panarthropoda; Onychophora; Udeonychophora; Euonychophora; Peripatidae; Epiperipatus | EPIBI |
Филогенетическое дерево в формате Newick
((((((((((DROSI, DROMI), COLHO), ((ANOQU, ANOGA), AEDAE)), (SAMRI, OSTNU)), APILI), LOCMI), TETBI), ARTSF), RHISA), EPIBI);
На самом деле, таксономической информации представленной в таблице, недостаточно для построения разрешенного дерева (один из узлов будет неразрешенным). Поэтому я использовал дополнительную информацию, чтобы установить, что к Двукрылым (DROSI, DROMI, COLHO, ANOQU, ANOGA, AEDAE) ближе Чешуекрылые (SAMRI, OSTNU), чем Перепончатокрылые (APILI).
Филогенетические деревья
