Белок PDXS различных видов рода Bacillus
В настоящей работе представлены результаты сравнения информации базы данных UNIPROT (и некоторых других источников) о белке PDXS_BACSU и его ортологах: PDXS_BACLD и PDXS_BACLD. Ортологами белка одного организма называются такие же белки представителей других организмов, родственных данному. Рассматриваемые ортологи белка Bacillus subtilis принадлежат бактериям Bacillus licheniformis и Bacillus cereus соответственно.
Ортологи белков можно находить в базе UNIPROT, их описание удобно получать с помощью команды entret пакета EMBOSS (ее синтаксис можно увидеть в работе по описанию программ).
Так получены описания:
Структура базы данных UNIPROT
В поисковой системе UNIPROT с помощью запроса "name:PDXS AND taxonomy:Bacillus" можно найти ортологов PDXS_BACSU. С помощью дополнительных параметров запроса можно найти все аннотированные белки (запрос "(name:PDXS AND taxonomy:Bacillus) AND reviewed:yes)"), белки с полностью секвенированным геномом ("name:pdxs AND taxonomy:bacillus AND keyword:181").
В базе данных Swiss-Prot число предполагаемых ортологов PDXS - 24, в базе данных TrEMBL - 187 (они не аннотированы).
Увидеть все результаты поиска можно на рис. 1 или перейдя по ссылке.
Сравнительный анализ ортологов
Ответы на некоторые поставленные вопросы и комментарии к ним представлены в виде таблицы, которую можно скачать в формате страницы Excel Table_pdxs.xlsx или найти по ссылке.
Оперон. Структура оперона, в состав которого входит ген pdxs
В работе рассмотрена структура оперонов, в состав которых входит ген, кодирующий белок PDXS_BACSU, pdxS, двух бактерий из рода Bacillus – Bacillus licheniformis и Bacillus amyloliquefacien. В качестве источников информации искользовались данные базы DOOR (Database of prokaryotic OpeRons), в которой на данный момент нет данных о строении оперона Bacillus Subtilis.
Таблица 1 отражает наличие информации о вхождении гена pdxS в оперонов бактерий Bacillus licheniformis и Bacillus amyloliquefacien.
Таблица 1. Информация о генах. Ссылка на источник.
В ходе работы была изучена информация об оперонах с pdxs обеих бактерий. Структура этих оперонов оказалась идентичной. Это дает возможность полагать, что аналогичной она будет у бактерий Bacillus subtilis. Далее рассмотрим эту структуру для обоих организмов (некоторые отличия для них будут указаны ниже).
Оперонам в DOOR присваивается ID, по-другому идентифицировать опероны нельзя, поэтому в данной работе будем называть исследуемый объект просто опероном. Оперон содержит два гена:
- pdxS;
- pdxT.
Продукты генов представлены в табице 2. Более подробную информацию о белке-продукте экспрессии pdxS можно в работе "Общая информация о белке PDXS_BACSU.
Таблица 2. Продукты экспрессии генов pdxS и pdxT исследуемого оперона. Удобнее использовать англоязычные названия, которые приведены во второй колонке.
Оперон бактерии Bacillus licheniformisATCC 14580
Информация о началах и концах генов, о расстоянии между соседними генами, о направлении генов (положение на прямой «+» или обратной «-» цепи) представлена в таблице 3.
Таблица 3. Информация о генах оперона Bacillus licheniformis.
Оперон бактерии Bacillus amyloliquefacien (вид Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703)
Информация о генах, та же, что и я в таблице 3, о составляющих оперона Bifidobacterium adolescentis представлена в таблице 4.
Таблица 4. Информация о генах оперона Bacillus amyloliquefacien
В базе геномов NCBI можно найти изображения расположения генов организмов в геномах.
Опять же информации об опероне с геном pdxS бактерии Bacillus subtilis в базе данных в настоящий момент нет. На рис. 1 можно увидеть скриншот изображения расположения генов в опероне Bacillus amyloliquefacien.
Рис. 1. Расположение генов оперона Bacillus amyloliquefacien (Bifidobacterium adolescentis). Границами оперона являются начало гена pdxT (справа, основание 1773966) и конец pdxS (слева, основание 1772311).