Доменная структура белка PDXS_BACSU. Pfam
Данная работа посвящена изучению доменной структуры PDXS_BACSU. Информацию о ней, полученную с использованием базы Pfam, можно увидеть в таблице 1 и комментариях к ней.
Таблица 1. Доменная структура белка PDXS_BACSU.
Для PDXS_BACSU имеется всего один домен – SOR/SNZ. Весь белок состоит из 2 субъединиц, каждая из которых в свою очередь представляет собой 6 копий этого домена. Подробнее об этом можно прочитать в работе о «внутримолекулярных взаимодействиях в структуре 2NV1», там же можно увидеть рисунки трехмерной структуры доменов и белка целиком.
Далее приведена некоторая информация о домене SOR/SZN:
- Домен входит в 7 архитектур (Pfam)
- Для 1980 белков, содержащих домен, известна последовательность (Pfam)
- Для 7 разных белков, содержащих домен, известна пространственная структура (всего 59 записей из базы PDB) (Pfam)
- Домен играет важную роль в одном пути биосинтеза витамина В6
- Выравнивание «seed» фрагментов белков можно увидеть в файле PF01680_seed.msf
- Для того, чтобы судить о гомологичности доменов была проведена обработка в программе JalView, ее результат представлен на рисунке 1. Даже из картинки выравнивания очевидно, что домены гомологичны. Можно говорить о достоверности выравнивания.
Рис. 1. Выравнивание найденных доменов.
В комплексе с другими доменами исследуемый SOR/SNZ чаще всего встречается с доменом ThiG (последовательностей с такими двумя доменами – 32). На рисунке 2 приведена схема архитектуры с этими доменами.
Рис. 2. Архитектура с доменом ThiG.
Рассмотрим частоту встречаемости перечисленных доменов в различных организмах, информация представлена в таблице 2.
Таблица 2. Встречаемость доменов SOR/SNZ и Thig в различных таксонах.
| Таксон | Количество белков с доменом SOR/SNZ (PF01680) | Количество белков с доменом Thig (PF05690) |
| Зеленые растения | 38 | 7 |
| Грибы | 132 | 1 |
| Животные | 10 | 1 |
| Остальные эукариоты | 20 | 21 |
| Археи | 133 | 46 |
| Бактерии | 1508 | 2722 |
| Вирусы | 0 | 0 |
Сравнение описаний мотивов в разных банках семейст по даным InterPro
В ходе работы было найдено описание мотивов PDXS_BACSU в системе InterPro (ссылка на страницу). Нас интересовали все подписи, интегрированные в эту базу (т.е. имеющие InterPro ID). Картинку с разметкой всех мотивов можно увидеть на рисунке 3.
Рис. 3. Разметка мотивов PDXS_BACSU.
Самый короткий мотив - PS01235 – описан в банке ProSite, ссылка на описание.
Самый длинный мотив - PIRSF029271 – описан в банке PIR (Protein Information Resource), ссылка на описание.
В InterPro интегрирована одна структурная подпись, она относится к домену SOR/SNZ белка PDXS_BACSU. Границы домена в InterPro не отличаются от таковых в Pfam, т.е. лежат в интервале 5-212 аминокислотных остатков.