Классификация ферментов (EC)
Данная работа предлагает информацию о ферменте с АС:Q01415 и некоторых белках, похожих на него.
Информация о ферменте
N-ацетилгалактозамкиназа 2 (N-acetylgalactosamine kinase 2) человека, или GALK2 (Q01415), имеет следующий ЕС-код (от Enzyme Classification): 2.7.1.157. В таблице 1 приведена информация о значении этого кода для данного фермента.
Информация о ферменте
| EC | Расшифровка на английском | Расшифровка на русском |
| 2 | Transerases | Трансферазы (катализируют перенос химических групп с одной молекулы субстрата на другую) |
| 2.7 | Transferring phosphorus-containing groups | Перенос фосфор-содержащих групп |
| 2.7.1 | Phosphotransferases with an alcohol group as acceptor | Фосфотрансферазы со спиртовыми группами в качестве акцепторов |
| 2.7.1.157 | N-acetylgalactosamine kinase | N-ацетилгалактозамин киназы |
Схема реакции, катализируемой GALK2: ATP + N-acetyl-alpha-D-galactosamine <=> ADP + N-acetyl-alpha-D-galactosamine 1-phosphate
Кофактор - магний. Фермент имеет высокую специфичность к GalNAc в качестве субстрата. Представленная информация найдена в NC-IUBMB.
Ферменты человека с близкими функциями
В SRS находятся 1795 записей ферметов, принадлежащих классу 2 и подклассу 7, как изучаемый белок.
Ферметов одновременно тех же класса, подкласса и подподкласса (2.7.1) всего 306.
Функции ферментов со сходными последовательностями
В базе данных Uniprot на 10 марта 2014 находятся 2,446,811 ферментов класса трансфераз (2). Из них 1743 принадлежат Mus musculus. Среди этих белков: 904 - с совпадающим (с GALK2) подклассом, 136 - с совпадающими под- и подподклассом, 1 - с полностью совпадающией классификацией.
В файлах представлены последовательности мышиных трансфераз fasta-формате и текстовая таблица ID и EC этих белков.
Для выяснения существования достоверных гомологов был проведен blastp последовательности GALK2 человека с полученными последовательностями трансфераз мыши. Для этого использовались следующие команды:
makeblastdb -in uniprot_EC2_Mus_musculus.fasta -out mus -dbtype prot
blastp -query GALK2_HUMAN.fasta -db mus -out galk2.out -evalue 10
blastp -query GALK2_HUMAN.fasta -db mus -out galk2.out -evalue 1
Поиск белков со сходными последовательностями в BLAST с e-value 10 и 1 дал нам 3 и 2 последовательности, соответственно. Выдачу blastp можно увидеть в файла: для e-value=10, e-value=1.
В таблице 2 приведена информация о белках, найденных с помощью blastp.
Таблица 2. Белки со сходной GALK2_HUMAN последовательностью.
| Найденные белик | ID | Название фермента | EC фермента | E-value находки | Функция | Длина выравнивания | Идентичность (%) |
| 1 | Q68FH4 | GALK2_MOUSE | 2.7.1.157 | 0 | Сохраняется полностью | 456 | 89 |
| 2 | Q9R0N0 | GALK1_MOUSE | 2.7.1.6 | 9,00E-44 | Сохраняется за исключением порядкового номера | 359 | 30 |
| 3 | P33610 | PRI2_MOUSE | 2.5.1.1 | 2,1 | Сохраянется только класс. | 46 | 30 |
| ИСХОДНЫЙ БЕЛОК | Q01415 | GALK2_HUMAN | 2.7.1.157 | - | N-acetylgalactosamine kinase (N-ацетилгалактозамин киназы) | 472 | - |
Наблюдения. Среди мышиных трансфераз (ферментов класса 2) было найдено всего 3 белка с последовательрностью, схожей с GALK2 человека, при пороге e-value равном 10. Это очень большое число, увеличивать этот параметр смысла не имеет. При пороге e-value равном 1 находилось 2 белка (они были и при первом поиске). Значение e-value находок указаны в таблице 2.
GALK1_MOUSE, очевидно, является гомологом белка человека с той же функцией (исходного белка). GALK2_MOUSE, вероятно, дальний родственник, возможно, также гомолог. Его последовательность идентична исходному белком на 30%, что значительно меньше, чем GALK2_MOUSE (см. таблицу 2).
Белок PRI2_MOUSE значительно меньше по длине, чем исходный белок. Поэтому выравнивание получилось коротким, а идентичность составила всего 30%. Вероятно, это не достоверный гомолок GALK2_HUMAN. Это и подтверждается отношением найденного фермента к другим группам (всем, кроме класса).