Филогенетическое дерево 8 бактерий

Данная работа посвящена понятию филогенетического дерева. Для работы были выбраны следующие 8 бактерий:

Bacillus subtilis	BACSU
Clostridium tetani	CLOTE
Geobacillus kaustophilus	GEOKA
Lactobacillus acidophilus	LACAC
Lactobacillus delbrueckii	LACDA
Lactococcus lactis	LACLM
Listeria monocytogenes	LISMO
Staphylococcus aureus	STAA1

Скобочная формула дерева

Простейшая формула филогенетического дерева для выбранных бактерий выглядит так:

(CLOTE, (((LACAC,LACDA),LACLM),(((BACSU,GEOKA),LISMO),STAA1)))

Она легко создается вручную по дереву, которое можно создать, руководствуясь уже составленным.

Изображение дерева

Файл barcteria.tre содержит скобочную формулу дерева. С его помощью в программе MEGA можно получить изображение этого дерева.

Нетривиальные ветви

Нетривиальная ветвь - ветвь, которая разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента. Наше дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:

• {LACAC,LACDA} против {CLOTE,LACLM,BACSU,GEOKA,LISMO,STAA1}
• {LACAC,LACDA,,LACLM} против {CLOTE,BACSU,GEOKA,LISMO,STAA1}
• {BACSU,GEOKA} против {CLOTE,LACAC,LACDA,LACLM,LISMO,STAA1}
• {BACSU,GEOKA,LISMO} против {CLOTE,LACAC,LACDA,LACLM,STAA1}
• {BACSU,GEOKA,LISMO,STAA1} против {CLOTE,LACAC,LACDA,LACLM}

На данный момент известно более миллиона различных видов организмов. Вся представленная работа достаточно просто делается вручную. Но если представить весь объем работы для получения филогенетического дерева всего "мира", то очень приятным становится существовании биоинформатики.

---