Молекулярное моделирование биополимеров

I. Работа с Pymol

Примеры решения разных задач в PyMol (отчет).

II. Cеми-эмпирические вычисления: Mopac

III. Ab initio вычисления для нафталина и азулена

IV. Вычисление ковалентных и нековалентных параметров для молекулярной механики

V. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS

VI. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS

VII. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS

VIII. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

IX. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка

X. Макромолекулярный докинг

---