ФББ 2013-2014

Описание белка из протеома бактерии Chlorobium tepidum TLS

Исследуемый белок – белок тиол-дисульфидного обмена из семейства DsbE (thiol:disulfide interchange protein DsbE). Краткая информация о нём содержится в таблице 1.

Таблица 1. Информация о белке дисульфидного обмена (семейство DsbE) из организма Chlorobium tepidum TLS (идентификатор белка в базе данных RefSeq NP_661963.1)

Вид информации Квалификатор в записи генома Значение
Локус гена в геноме /locus_tag CT1072
Имя гена /gene нет
Идентификатор гена в базе Gene /db_xref="GeneID 1006942
Начало гена в геноме 1012730
Конец гена в геноме 1013242
На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) прямая
Длина гена (в парах нуклеотидов) 513
Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein /protein_id NP_661963.1
Длина белка (в аминокислотных остатках) 170

Данный белок относится к суперсемейству тиоредоксин-подобных белков (thioredoxin (TRX)-like superfamily), семейству Tlp-A-подобных белков, подсемейству DsbE. Он играет важную роль в созревании цитохрома c, катализируя поздние стадии сборки. Участвует в формировании дисульфидных связей.

Посмотрим на расположение гена этого белка в геноме. Оно показано на рисунке 1.

Рис. 1. Окружение гена белка дисульфидного обмена (семейство DsbE) с идентификатором NP_661963.1. Рисунок получен с помощью геномного браузера [1]

На рисунке 2 показана структура фермента, полученная с помощью программы RasMol. Как видно, фермент состоит из четырёх белковых цепей. Логично было бы предположить, что гены, кодирующие эти цепи, находятся в опероне, однако это не так. Гены других составных частей этого фермента находятся в других частях генома (это видно из таблицы 2).

Таблица 2. Гены других белков, участвующих в дисульфидном обмене у Chlorobium tepidum TLS. Рисунок получен с помощью геномного браузера [1]

Метка Начало Конец Ориентация
CT1023 963853 964410 Прямая цепь
CT1072 1012730 1013242 Прямая цепь
CT2233 2097012 2097548 Обратная цепь
dsbD 1015661 1017484 Прямая цепь

Можно предположить, что выданный мне белок также находится в опероне, т.к. в его окружении есть два белка с неизвестной функцией (CT1071 и CT1073). Вполне может оказаться, что их функция связана с дисульфидным обменом. Ген CT1074 кодирует белок из класса ApbE, участвующий в сборке железо-серного кластера – Fe-S кластеры и цитохром c функционально связаны друг с другом: Fe-S кластеры входят в состав ферредоксина, который принимает электроны от цитохрома c. Наконец, ген dsbD также кодирует одну из цепей фермента.

Чтобы сделать вывод о том, находятся ли гены в опероне, рассчитаем расстояние между ними:

Расстояние между генами CT1073, CT1074 и dsbD маленькое, следовательно, скорее всего эти гены находятся в опероне.

Рис. 2. Структура фермента, в состав которого входит протеин с идентификатором NP_661963.1. Рисунок получен при помощи программы RasMol.

Источники:

[1] http://www.ncbi.nlm.nih.gov