2013-2014

Укоренение и бутстреп

Корень филогенетического дерева - это точка в основании дерева, символизирующая общего предка для всех организмов, для которых строилось дерево. Не все алгоритмы построения деревьев строят укоренённые деревья, однако существуют методы для укоренения. Укоренять дерево необязательно: неукоренённое дерево несёт ту же информацию, но без предположения об общем предке.

Укореним в среднюю точку дерево, построенное с помощью Jalview в предыдущем практикуме. Используем программу retree.exe из пакета PHYLIP. На вход подаём дерево в Newick формате, но без расширения, при выборе алгоритма укоренения выбираем m - Midpoint root the tree. На рисунке 1 слева показано дерево, построенное в Jalview, справа - укоренённое дерево, открытое в MEGA 6.0.

Рис 1 Сравнение неукоренённого дерева из Jalview с его укоренённой версией, полученной с помощью алгоритма укоренения в среднюю точку.

Здесь, на мой взгляд, укоренение в среднюю точку дало биологически верный результат, потому условный общий предок определён для двух самых далёких таксонов. Вид дерева, по сравнению с неукоренённым вариантом, не изменился.

Использование внешней группы