MEME

Рис.1. Построенное LOGO искомой последовательности

Был осуществлён поиск сайта посадки пуринового репрессора в наборе областей генов из E.coli - файл. Для этого была запущена команда MEME на кодомо с двумя разными опциями - -zoops и -oops (zero or one motifs per sequence и one per sequence), поскольку онлайн-сервис MEME не доступен. На выходе были получены лого, показанное на рисунке 1, html-страницы с резульататами-zoops и -oops. Также ставилось ограничение на длину: -maxw 16 -minw 16 - это значит, что нас интересуют только мотивы длины 16.

Экспериментально полученные сайты посадки пуринового репрессора были наложены на результаты MEME. Результат находится в файле MEME13.docx. В этом файле курсивом обозначены мотивы, полученные при запуске MEME с -zoops, голубыми буквами обозначены экспериментально доказанные сайты, серым выделены сайты, полученные при запуске MEME с -oops. Сайты, определённые MEME, в большинстве 11 случаев из 13 совпадают с экспериментально определёнными (для одной из последовательностей не было данных по экспериментальному сайту).