2013-2014

Описание веб-сервиса MEME

Рис.1.Возможности MEME Suit

Для описания базы данных я выбрала The MEME Suite - сервис, нужный для поиска и описания мотивов в последовательностях ДНК или РНК. Данный сервис очень удобен тем, что, во-первых, он стабильно работает (в отличие от ), а также содержит множество инструментов для анализа данных. Список этих инструментов представлен ниже:

• 1. MEME (Multiple EM for motif elicitation) - инструмент для поиска мотивов de novo. Принимает на вход файл в формате фаста, ищет мотивы длиной от 6 до 50 нуклеотидов (длина задаётся пользователем). Недостатком можно назвать то, что нельзя подать на вход готовый мотив и попросить найти его в последовательностях. Положительные особенности: возможность задать "негативный" поиск - то есть исключить какой-то определённый мотив из поиска. Также можно задать опцию поиска только палиндромов или поиск только на одной из цепей (прямой или обратной).
• 2. MAST (Motif alignment and search tool) - работает не стабильно, поэтому проверить не удалось.
• 3. TOMTOM (Motif comparison tool)
• 4. GOMO (Gene Ontology for motifs) - сервис, который может найти данный на вход мотив в формате матрицы весов в организмах, геномы которых хорошо проаннотированы (на данный момент это геномы 5ти эукариот, среди которых есть Homo sapiens) и выдать GO идентификатор гена, в которых данный мотив был найден.
• 5. GLAM2 (Gapped local alignment for motifs) - на вход подаются последовательности и в них ищатся мотивы, но снимается ограничение на отсутствие гэпов в мотивах.
• 6. GLAM2SCAN (Scanning with gapped motifs) - на вход подаётся мотив с гэпамив формате матрицы весов, но поиск осуществляется по какой-либо базе данных. Сервис может работать с ftp сервером NCBI, беря данные напрямую оттуда.
• 7. FIMO (find individual motif occurence) - находит мотивы по отдельным генам (на вход подаётся выдача MEME - матрица весов), работает довольно плохо. Выдаёт таблицу найденных мотивов по отдельным генам, но в этой таблице очень много очевидно ложных результатов.
• 8. MCAST
• 9. MEME-ChIP (Motifs analysis for large DNA database) - версия МЕМЕ, сделанная специально для поиска мотивов в данных, полученных из ChIP-seq при секвенировании. На вход можно подавать довольно большие файлы, с которыми обычный МЕМЕ не справился бы. Следующие 3 сервиса также работают с ChIP-Seq данными, но я не смогла в них разобраться.
• 10. SPAMO (Spaced motif analysis tool)
• 11. DREME (Discriminative DNA motif discovery)
• 12. CentriMo (Central Motif Enrichment analysis



Рис.2. Схема работы с MEME Suit.