Гомология и выравнивание
Петренко Павел
Факультет биоинженерии и биоинформатики, Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова
Выбор семейства белковых доменов из базы Pfam
Из списка доменов Pfam за 2023 год мной был выбран следующий домен: Renin receptor-like protein, со следующими характеристиками:
AC: PF07850
ID: Renin_r
Summary name: Renin receptor-like protein
Seed: 28
Full: 785
Structures: 17
Species: 443
Architectures: 23
Описание выравнивания seed
| Информация | Комментарии | |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | Число последовательностей - 20, число колонок - 88 | Заметно, что значения отличаются от приведённых в таблице 2023 года |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 70-80 | Помимо данного блока в выравнивании также есть консервативные колонки 41 и 45, однако их недостаточно для того, чтобы сказать, что на данном участке выравнивания есть максимальный достоверный блок (поэтому данные колонки я решил рассмотреть далее, разбив их на отдельные блоки). Также есть последняя 88-ая колонка, являющаяся консервативной, но в 12-ой последовательности присутствуют гэпы, поэтому я не могу продлить максимальный достоверный блок до этой колонки (к тому же между ближайшими абсолютно консервативными колонками тогда бы получилось достаточно большое расстояние без хорошего выравнивания и сходства, что ставит под сомнение достоверность данного блока) |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 70:D 71:P 74:D 78:Y 79:R 80:M |
Я выбирал те колонки, которые при параметре conservation 100% были полностью окрашены |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности (МДБ-notAll) | Первый блок:37-50:1-7 Второй блок:37-50:15-20 |
Я решил рассмотреть блоки, выбранные около абсолютно консервативных колонок 41 и 45, про которые говорилл раннее, тем более, что радом с ними много функционально консервативных колонок, поэтому блоки с большей вероятностью достоверны |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | Первый блок: Абсолютно консервативные колонки: 37:Y, 41:Y, 45:F, 46:N, 47:I, 49:L, 50:W Функционально консервативные колонки: 43[VA], 44[IV], 48[IV] Второй блок: Абсолютно консервативные колонки: 37:Y, 41:Y, 45:F, 46:N, 50:W Функционально консервативные колонки: 43[VA], 44[IV], 47[IM], 49[LF] |
В данном случае я рассматривал абсолютно консервативные и функционально консервативные позиции в выбранных блоках. Также стоит заметить, что в колонке 38 и в первом, и во втором блоке происходят замены таких аминокислот, как аспарагин, серин и треонин, и при их замене значение по матрице замены аминокислот является нулевым (треонин и аспарагин) или даже положительным (серин и треонин, серин и аспарагин),что также подтверждает достоверность данных блоков |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции | 5-24 | После выставления порога в 35% (о чём было сказано на лекции), я выбрал блок, содержащий много гэпов и не имеющий окрашенных участков (вес матрицы отрицательный), границы этого блока я выбрал исходя из того, что в соседних от блока колонках уже есть функционально схожие группы в части последовательностей |