Семейства белковых доменов. PFAM

Петренко Павел

Факультет биоинженерии и биоинформатики, Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова

Описание семейства доменов

Таблица 1. Краткое описание семейства доменов
Информация
Name Renin receptor-like transmembrane spanning segment
AC pfam PF07850
ID pfam Renin_r
SEED 50
All 2k
SW 6
Architectures 41
3D 37
Taxonomy 4k
Eukaryota 2062
Archaea -
Bacteria -

Рениновый рецептор - это многофункциональный белок, который функционирует как ренин и проренин-клеточный рецептор, а также участвует в сборке лизосомальной протон-транспортирующей АТФазы V-типа и закислении эндолизосомальной системы. Эти функции позволяют регулировать деградацию белка и контролировать различные сигнальные пути, важные для правильного развития мозга, морфологии синапсов и синаптической передачи.

Рис. 1. Предсказанная структура белка. Синие участки достоверны более чем на 90%, голубые участки достоверны более чем на 70%, жёлтые участки достоверны более чем на 50%, оранжевые участки недостоверны (достоверность менее 50%)

Построение карты локального сходства двух белков

Таблица 2. Краткая характеристика выбранных белков
Информация
Доменная архитпектура 1 PF25294 - PF07850
Белок с архитектурой 1 Q9CYN9
Доменная архитпектура 2 PF25294 - PF25294 - PF07850
Белок с архитектурой 2 A7SQ62

Рис. 2. Карта локального сходства (горизонтальная ось соответствует белку Q9CYN9; вертикальная ось соответствует белку A7SQ62)

Значение E-value составило 8e-24, что является очень хорошим результатом. Сразу стоит заметить, что белок A7SQ62 (504 ак) длиннее белка Q9CYN9 (350 ак), поэтому на карте локального сходства присутствует достаточно много гэпов. На карте видно, что первые и последние участки графика совпадают (образуют непрерывную прямую), так как обе архитектуры имеют одинаковые домены в начале (PF25294) и в конце (PF07850). Но также заметны множественные короткие прерывания на этих участках, из чего можно предположить, что они претерпели множественные точечные вставки и делеции. Крупный разрыв (~345-420 ак) соответствует делеции фагмента PF25294, который сохранился у второй архитектуры.