Записки о Летней Школе по Биоинформатике
Следите за обновлениями и дополнениями
Если Вы заметили опечатки, или ссылка испортилась, пожалуйста, напишите мне
Ссылка на слайды презентаций школы
Ссылка на общие материалы Здесь можно найти некоторые видео записи А здесь должны лежать все лекции как этой школы, так и школ прошлых лет
На что стоит обратить внимание
Прекрасные курсы на Степике
- Введение в NGS
- Основы статистики
- Введение в Linux
- Программирование на Python
- Анализ данных и программирование на R
Онлайн курсы
Питон
Сколтех
Coursera
pythontutor
Онлайн сервисы
WebLogo
Norwegian Bioinformatics Platform
Ka/Ks Calculator
MEME
geneontology
https://www.prismtc.co.uk/resources/free-tools/pca-3d-visualiser http://biit.cs.ut.ee/clustvis/ http://proteinformatics.charite.de/ngl/html/ngl.html https://infogr.am/app/#/library http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi http://services.cbu.uib.no/tools/kaksЛекции
Отличная лекция о машинном обучении на R с примером логистической регрессии
Introduction to Machine Learning
AACIMP Summer School 2015 - Introduction to Machine Learning
Machine Learning
Полезные сайты
Open Bioinformatics Foundation
Биомолекула
Biohab
SPAdes Roadmap Epigenomics Project
Ассемблер для сборки бактериальных геномов
Хабархабар
Интересный ресурс
Отличная лекция по Data Mining
https://www.google.com/publicdata/explore?ds=d5bncppjof8f9_&hl=en&dl=en http://www.bioinfo.no/applicationsМатериалы
CS231n: Convolutional Neural Networks for Visual Recognition
The State of Variant Annotation: A Comparison of AnnoVar, snpEff and VEP
Полезные программы
Eclipse
Spades
Admixture
Программа для определения происхождения человека по SNP. Составляет вектор в многомерном пространстве из признаков, понижает размерность, определяет направление относительно известных точек на google maps
Burrows-Wheeler Aligner
Пакет для выравнивания коротких ридов с целью сборки генома
GATK
Программа для анализа данных выравнивания NGS ридов
Ensembl VEP
Программа для аннотации генома
fgenesh++c - Softberry
Огромный пакет прекрасных программ от V. Solovyev
T-Coffee
PHYLIP
phylip package
MEGA
jupyter
https://www.vegahub.eu http://mgltools.scripps.edu/downloads http://open3dqsar.sourceforge.net/?Description https://www.qsartoolbox.orgБазы данных
ALFRED
OCHEM
ExPASy
ENA
https://chembench.mml.unc.edu https://ochem.eu/home/show.do http://www.expasy.org/proteomics/protein_characterisation_and_functionСтатьи
Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing
Нейросети для чайников
Биоинформатика в виде РНК-структур
Introductory Python II: k-mer counting
Финиширование генома
Нейросети для чайников
Нейросети для чайников
Где можно поучиться
Лаборатория теоретической и прикладной функциональной геномики
То, о чём интересно узнать. Или то, что лучше знать, чем нет
Cryo-electron tomography
Single-nucleotide polymorphism
Genome-wide association study
DNase-seq
FAIRE-Seq
ATAC-seq
ChIP-Seq
Закон больших чисел
Центральная предельная теорема
Стандартная ошибка
Биология в числах
Классификация вирусов по Балтимору
Multiple displacement amplification
Oxford Nanopore PromethION
PCA
UTR
DNA methylation
CpG site
© Кравченко Павел
2017