На данной странице Вы можете увидеть JMol-апплет, демонстрирующий структуру хитозан-связывающего модуля 1 Paenibacillus sp. IK-5
Подробнее о данном белке можно узнать по ссылке
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре |
|||
| № | Имена атомов | Длина связи (A) | Угол N-O-C (°) |
Альфа-спирали |
|||
| 1 | N(203PHE)- O(176SER) | 3.0 | 122.6 |
| 2 | N(179ARG)-O(157GLU) | 2.97 | 126.9 |
| 3 | N(198ALA)-O(171ALA) | 3.09 | 128.5 | Бета-тяжи |
| 1 | N(578ILE)-O(710TYR) | 3.0 | 141.6 |
| 2 | N(707TYR)-O(581ILE) | 3.37 | 139.6 |
| 3 | N(700VAL)-O(581ILE) | 2.85 | 158.9 |
Анализируя полученные данные, можно видеть, что значения длин водородных связей колеблются в пределах от 2,85 до 3,37 ангстрем. Данные о длинах связей согласуются с ожидаемыми значениями (<3,5A). Значения углов разнятся от 122,6° до 158,9°.
Для альфа-спиралей характерна, в среднем, длина водородной связи, равная 3,02A, и N-O-C угол, равный 126°. Для бета-тяжей характерна средняя длина водородной связи, равная 2,93A, и средний угол, равный 153,9°. Данные приведены для одиночных водородных связей. Структура бета-листа указывает на наличие двойной водородной связи. C её учётом, средняя длина водородной связи станет равнва 2,97А, а средний угол 151,85°.
Можно предположить, что альфа-спирали имеют более стабильную структуру, так как средняя длина связи меньше, а энергия связи больше. Но данное незначительное отличие (0,05A) может нивелироваться или даже превалироваться более существенным отличием в углах, так как водородная связь тем сильнее, чем угол ближе к развёрнутому.
© Кравченко Павел
2017