Вирус Alternaria brassicicola endornavirus
Alternaria brassicicola endornavirus является эндовирусом гриба Alternaria brassicicola, вызывающего альтернариоз рапса (тёмные пятна рапса[1], [3]). Альтернариоз является одной из самых распространённых заболеваний рапса. Он вызывается тремя вирусами из вида Alternaria: Alternaria brassicicola, Alternaria brassicae, и Alternaria raphanin.
Генетический материал вируса представлен линейной молекулой РНК, имеющей длину 10290 нуклеотида. РНК имеет одну рамку считывания, начиная с которой кодируется полипептид (3400 амк), содержащий домен консервативной РНК- зависимой РНК полимеразы (RdRp), мотивы РНК хеликазы 1 (Hel-1) и домен вирусной метилтрансферазы (MTR)[4]. Молекула РНК имеет богатую цитозином последовательность (CRR), которая содержит консервативный CXCC мотив[1], [2].
Поиск гомологического сходства и филогенетический анализ позволяет, предположительно, отнести этот вирус к группе Endornaviridae, хотя возможно выделять вирус в новую группу Alternaria brassicicola endornavirus 1 (AbEV1). Элиминация вируса показала, что Alternaria brassicicola endornavirus не оказывает значительного воздействия на хозяина[2].
В таблице 1 приведены некоторые важные количественные и качественные показатели, характеризующие вид Alternaria brassicicola endornavirus.
Alternaria brassicicola 
Тёмные пятна рапса 
Таблица 1. Основные параметры генома вируса Alternaria brassicicola endornavirus
| Параметр | Значение |
| Английское (или латинское) название вируса | Alternaria brassicicola endornavirus |
| Русское название вируса | Вирус альтернарии рапса |
| Количество фрагментов в полном геноме | 1 |
| Общая длина генома (п.н.) | 10290 |
| Количество кодируемых в геноме полипептидов | 1 |
| Количество "зрелых" вирусных белков | 2(3)* |
Полный геном Alternaria brassicicola endornavirus 
Краткое описание генома Alternaria brassicicola endornavirus 
>YP_009115493.1 polyprotein MEGQRININNIESGVRAPDSEFPRTHNNNGENKNGGQFVPHRSTAIEIERRSADGPAL GYWAPSFTRSTGPSPSEIISPVVPMIDNSFESNRRMRDLDELLQPNWNNAEGLFLVVE STSSRLLLMESGGAIERLSSQARTRSITIGRADVELSPRRQRLLAAHVISPMAFDFSS LMAMSRSPVNTAETTPVTCSPAAVRSKSFVKLQEDAKAFAGMLKDITVNRKHLKTLSS QAGIDLTSSRNRMTYMAWMEQTTGSFAHITNGMKHIGGENIDHLVRSFLCGFVQPLST FSTAWVVRACYDKLDPRMGFNVKPLTKAEMLLVAQRETGTTKFRCKISLFQHWINGTM YVGAHVEEGDDEVDLIDFHFDFIFGKSNDIEKVLKNHIIGDVATAIKTQQVRGNLDLH NSKVINQLVKANAMRDYQIPSNTSDAIVDALSLAWPNRTFIKSSNKADNGHAYHAANR DLVRENLVMRFPKSGLVVDIGGAYSSHIRSGFWNVHSCFPVLDENDAKRKMENDTGIK NYIHDTETMMQSSKSVVSADRREAVARIKSGKHAYWCHSKAQNCGMVDKSGTSFGVSI DTLFYMKPEDMVAVMKAHNIIYGLHAIIVPPTFMYETSGKLAFNEGQWRISKGTFEMV TNGCSGAYHSSAAVMKTWLTTPLFVGEGFGLYVRNEGYMGSHMLLKIMRVPYGTIMQH MVRHCLWLTGNPDEQIYNIPIIDPEKPVTLLWKQPFTIERLCVNSTMLSMLKGRLSMD ECNWDQLSIYARGLRHQVYTSQTGRVMQFNMSEEECRFHMILAMMEHHKLMRQISPLI PHVENIGSKGNWWTQAFKVIKNMLIKMGRTFDPTDDEYLSKVMKEHNTLDEYKMSHVT VSEVLKDVSMYTSGMQSMSKQNNAAISYHGQNRINATWVSKLLDSPETNFNNPNGAKV HAHYHSKFKTDQATQCKPQLGCPHDHRGMHEHDIGREEAKRGNCLCCGILSPLFANLC EVCRTIEKCHNTSSTCKHQHNFVNEHCCGASDCQCVRNTVCICCGKRSLSSPCLLCDD YQPHEEADSINYREQIKQAGAEIFQNAKATTIKTMSQHSRPISDWAEHVEEMEEMERE PEIMIETTVQGGIMTEDATKTDRVRLLTLAEPLEATVTNIHGVHVVKYVDTPDDGTCG FTALEQLPYPSKLNMADLQRISHRDDWWSGNDLGMFCVSQGVNLLVVGTSTSAYYQGD TKSNQYGAIVHMTTISGEVHWNACEARIMSVNADGDRDLDRRNIIGSTAKDRTGKEID EMDVVSREEFVTNLLAEKQWLSTFPASTELNRLMRTKLVNGMLEAESETIGFHSTNGM NSTKRFTADAGVEKGLPIYITDNRIPMNGSDKPTFVKSVSSCDDVMSFMSPGVKFYFY GFEMPTPTNAAYIVPDDEIQGLQGINNTVVNNTKNVSENQTCTLELFELQSCPATVVL GMARAHRRIDFNEPNAIGLDRKRPNWKTFVDIAISARNLGVKEVYLPMLDDDFDVDEF DALVLSMLNGRSLPHQIKEKRGKAVPKMVVQPLARKALNHLINNAGFADVDMDILNFV KRESVGMSKASGKFMKIVNCGSCGLRMLKITGTECSSCGPTFNMKVSDAFSEGEFIIM PSKVGVDKTSNYLNGNWPCTADPVRLNGACMDYWREQYQMGTNSMIEATMTVHENDSY HKKSCVVGSCHVKNGQLTIRANDIKECSAYEPFVVQTDKTWSWAFSMPDGTIATAARL DNGPVRVIGSQDNIGYCLVMACNFDSGRGCVTEELNQMVKGAKAFVGVPGGGKTRGAK IAYPKATIVTKQAGMLKTFRAEGRDAVTPAQLIARKTPTDCVILDEAGLCNYTDLWPM VGKVNQLIITADINQNNTSLMASNVLTGDHTSWLSGVQIEQEFFKSYRFGPKTAQWLK RFNPRIEGVNSNDKGITWVHTTAKRVEDQLKELVGRNVDVVLVPTNADKLKLRKITNI KIETMKRFQGQQADRIGVFVTKFNPALTSTKAMYTCLSRHKTECIVVTGPQTASLSSY MFGQNLDQVAGSVSRLAFERFLNLPGPIVFIIKLGAKITWAIQGLLRALARSAQHSYQ ALKRIMSELWPQSADIDDDLLYDYELERVLSQESRLMSQADDEEHDGSQFGPGPTIRD DATSVAPSDIELNVIDPTPELEQEEFKDSRTEEYAQMSARGLFLSPDQLPRHTTPKDL SDDVGGAKVAEWYTKTYLWSKDQTRQAIGKESRFWNMADSCANGATEVMTWIEDLVMT VWDGLVRFVGMMLQRTGRALKTIRRWFANVLSSESRKSEEAAWEAAKKEAEHNRFERV PETIAISTASDIGQMQHEAGSYKKRRPMPTKDKWLKEEAGSVASTRNPSSKGQASPTS VKSLVQNIEKGRVGRTRKSSKVLNEALAASSETRMEAENQLFIKIGEKKAGRMIEMNW DLLQNFDFEVSWEAFCKEWDADPSCTTFSKHSSMFKGKINAAKHEDHDYESIIIMTFS KHIVALIVKLDQTFVYCHDVQTAQNSDSVDEVLTSLMEDRAGAKSVMSMIYAALWGRM KIRIIYWQWYLRTWFDFSYKAMISEKIELDGALNLHEWAAKNSYLTILKAKKRVTVTI SGTDALILLNGQGLSGTKGARPIHLIRLRRGSTVNEVLVEEIGDVRTSDYVRDTVKKL LYPSYFRRHARARSNASFGGAVDILGKYWSRLLGARSGNPVQLSETWNEIKHNLPLMV GQEHQNSVKQGRKYKAYHTIRDTNNLIDIDPVTARGLVACCIPSGAGKTTLCTKEPDK YQDIDDLMTTEDFADINDINLNEGMFLVTKRYRSKVQEWIINRPTKRILLCHHPEQVE GLINNVLVVIPKWDLGKAWSDVNNQRLIKCTGEKIGPSNHDEMETMIDLWAETRLRLS LRMGTYDSNEPNATAIDWFLNTDQTAYNEIKLPTNGSTKSRLPVYDNVKQHVTVIGHA PPVTRPVIVKYINQLYNSITTRIHGEVSYRKQVVDPVENFERVAKTFFKPGWEAMVEE FVENPVLPGYKLTEEWLSMKGDPEPTMKEIKFNILDDFNRMPYNKCKLHLKSETLLKE QVDRFEDQIGRVIVWHPKPFCAVLCPVINLMKERFKLLLDKEKIVYTDGCDMNEIQFH VQDLHPDKVIEMDLKKQDRQTDMHELENEFVLMTALGFPSYLMPLWRAYNENWRYKAS DMTESWQVGKRKTGDEMTSLGNTFKNMSGIAEPFVRYNTERVLILSDDMIAFGRTDWD QRWVEDHLRDKFNVQCEWAGGKSGKFCQLVVSPVRGFGFIVAADIKRLADKFRVVKSS LTREDEDWDARCYSYLSLIGPCDATNITASKMNLPRPVQWARSWGLRLQANAEYHKVT GEELDRDVNALCHNMMYSGLEKRTFNVLGTHKFKTK |
>YP_009115493.1 SP86_gp1; RdRP_2 QVVDPVENFERVAKTFFKPGWEAMVEEFVENPVLPGYKLTEEWLSMKGDPEPTMKEIK FNILDDFNRMPYNKCKLHLKSETLLKEQVDRFEDQIGRVIVWHPKPFCAVLCPVINLM KERFKLLLDKEKIVYTDGCDMNEIQFHVQDLHPDKVIEMDLKKQDRQTDMHELENEFV LMTALGFPSYLMPLWRAYNENWRYKASDMTESWQVGKRKTGDEMTSLGNTFKNMSGIA EPFVRYNTERVLILSDDMIAFGR |
Источники:
[1] Shang, H., Zhong, J., Zhang, R. et al. Arch Virol (2015) 160: 1827. doi:10.1007/s00705-015-2426-y[2] Jie Zhonga,1, Hong Hong Shanga,1, Chuan Xia Zhub, Jun Zi Zhua,b, Hong Jian Zhua,c, Yan Hua, Bi Da Gaoa Characterization of a novel single-stranded RNA virus, closely related to fusariviruses, infecting the plant pathogenic fungus Alternaria brassicicola
[3] Gannibal Ph.B. Monitoring of alternarioses of crops and identification of fungi of the genus Alternaria. A manual. Ed. M.M.Levitin. VIZR, St. Petersburg. 2011.
[4]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
