С сайта pdb была скачана последовательность ТРНК.
http://www.rcsb.org/pdb/download/viewFastaFiles.do?structureIdList=1ML5&compressionType=uncompressed

Параметры для einverted 

Gap penalty [12]: 2
Minimum score threshold [50]: 5
Match score [3]:
Mismatch score [-4]: