На главную страницу
На главную страницу первого семестра

Описание пространственной структуры AROE по данным банка PDB, код 1NYT

Белок Shikimate Dehydrogenase – фермент класса оксидоредуктаз. Он катализирует реакцию отщепления водорода от гидроксогруппы в молекуле шикимата.

Диаметр всего белка 114 ангстрем, диаметр субъединицы A – 59 ангстрем. В целом комплекс центральносимметричен. Каждая субъединица состоит из двух доменов. Гидрофобную структуру белка можно посмотреть здесь.
На этом рисунке изображена пространственная структура всего белкового комплекса. 4 молекулы НАДФа показаны в шариковой и проволочной модели, сам протеин – в остовной модели. Белок состоит из четырех цепей, в каждой по молекуле НАДФа. В цепи A есть еще один лиганд – DTT, соединенный с пептидом ионной связью. DTT – это 2,3-дигидрокси-1,4-дитиобутан (C4H10O2S2) Также в комплексе присутствуют ионы SO4-.
Далее приведен текст скрипта RasMol, генерирующий это изображение: 
restrict none
select protein
backbone 50
color [175,100,100]
select tyr33:D.ca
label shikimate dehydrogenase
color label green

select nap
wireframe 100
cpk 150
color cpk
select nap and phosphorus and within(3.65,nitrogen)
label NADP

select dtt
cpk 150
wireframe 100
color cpk
select dtt and sulfur and not within(5.0,nap)
label DTT

select (not protein) and (not nap) and (not dtt) and (not water)
cpk 150
wireframe 100
select selected and sulfur
label SO4

set fontsize 12

©Семенюк Павел