На главную страницу
На главную страницу второго семестра

Сравнение множественных выравниваний

Сравниваются два множественных выравнивания.
Первое – фрагмент полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы emma:
                                                                                                                                                                                   
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *              
A R O E _ L A C L A   :   D L T N E N G V Y L A W E V E A E K L P - - - - - - - - A I V D N V R T L D M Y G L N I S M P Y K T E I T P F M D E L S P A A E L I G A V N T V   :   6 4
D H Q A _ E M E N I   :   N A L G L N W T Q I P L S T A T G T S F T R S P E I S T F L S S V R S N P K F V G S S V T M P W K V A I M P H L D D L T E D A R Q A G A C N T I   :   7 2
A R O 1 _ P N E C A   :   N I H N L G F E I L G L P Y K Y Q L F E T D S - - - I S E L K E I L H L E E F G G A S V T I P L K T N I S I L L D E I S D H A A L I G S V N T I   :   6 9
Q 8 U 7 B 7 _ A G R   :   A A H G L D Y S Y E L V D V T A R K L P Q S S - - - L P A L L D E L E A R G F A G T N I T H P F K Q A V I P H L H E L S D D A R M L G A V N T V   :   6 9
Q 8 2 M 8 3 _ S T R   :   G R Q G L R Y H Y R L I D I D R L G V G P E A - - - V G G L V R A A R D L G F D G L N I T H P C K Q L V I S H L D T L A P Q A E A L G A V N T V   :   6 9
                                                                                                          G           P   K                           A       G     N T            
Красным отмечены уастки, вошедшие в эталонное выравнивание, бежевым – часть выравнивания, которая совпала с выравниванием из SMART

Второе – соответствующий фрагмент "эталонного" выравнивания из банка выравниваний SMART
                                                                                                                                                                                   
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *              
A R O E _ L A C L A   :   D L T N E N G V Y L A W E V E - - - - - - - A E K L P A I V D N V R T - L D M Y G L N I S M P Y K T E I T P F M D E L S P A A E L I G A V N T V   :   6 4
D H Q A _ E M E N I   :   N A L G L N W T Q I P L S T A T G T S F T R S P E I S T F L S S V R S N P K F V G S S V T M P W K V A I M P H L D D L T E D A R Q A G A C N T I   :   7 2
A R O 1 _ P N E C A   :   E I L G L P Y K Y Q L F E T D - - - - - - - - - S I S E L K E I L H L - E E F G G A S V T I P L K T N I S I L L D E I S D H A A L I G S V N T I   :   6 2
Q 8 U 7 B 7 _ A G R   :   A A H G L D Y S Y E L V D V T A R - - K L P Q S S L P A L L D E L E A - R G F A G T N I T H P F K Q A V I P H L H E L S D D A R M L G A V N T V   :   6 9
Q 8 2 M 8 3 _ S T R   :   G R Q G L R Y H Y R L I D I D R L - - G V G P E A V G G L V R A A R D - L G F D G L N I T H P C K Q L V I S H L D T L A P Q A E A L G A V N T V   :   6 9
                                                                                                          G           P   K                           A       G     N T            

Результаты сравнения выравниваний:

(*) Выравнивания половины фрагмента совпадают. До 36й колонки выравнивания разные. Но четыре последовательности из пяти одинаково выравниваются и в начале.

(*) Построены матрицы попарного совпадения последовательностей для обоих выравниваний (эталонное и полученное с помощью программы emma, файлы matrix_benchmark.txt и matrix_clustalw.txt соответственно).
Матрица содержит процент идентичности последовательностей попарно. Проценты идентичности в двух матрицах плохо кореллируются.

©Семенюк Павел