На главную страницу
На главную страницу второго семестра

Отчет по работе с БД Pfam

Доменная структура белка AROE_ECOLI

В БД Pfam найдена доменная структура белка AROE_ECOLI.

схема доменов объемное изображение

N-концевой домен окрашен зеленым, второй домен из PfamA окрашен красным на схеме и темно-красным на трехмерном изображении структуры 1nyt.

Идентификатор Pfam Название записи Полное название домена Положение в последовательности aroE_Ecoli
PF08501 Shikimate_dh_N Шикимат дегидрогеназы субстрат-связывающий домен 6 – 88
PF01488 Shikimate_DH кинат-5-дегидрогеназа 106 – 223

Подробное описание домена PF08501

  1. Этот домен – субстрат-связывающий домен шикимат дегидрогеназы.
  2. В БД Pfam найдено 670 записей с доменами Shikimate_dh_N, причем 2 из них – в одном белке (см. далее).
  3. В каких таксонах встречается этот домен:
    Таксон
    Количество белков с доменом PF08501
    Эукариоты Растения 11
    Грибы 58
    Животные 1
    Бактерии 573
    Археи 26

  4. Рассмотрим изображения основных типов доменной архитектуры.
    Во всех 19 найденных структурах домен Shikimate_dh_N встречается в сочетании с другими доменами (в одной – этот домен не описан в PfamA). В 13 случаях Shikimate_dh_N встречается вместе с доменом Shikimate_DH или его фрагментом (второй домен из AROE_ECLOLI). Наиболее распрастроненный вариант (545 белков) – структура, аналогичная AROE_ECOLI.
    Известен один случай дупликации домена Shikimate_dh_N, причем он "перемешан" с доменом Shikimate_DH. Этим объясняется различие в числе записей (670) и числом организмов, в которых встречается этот домен (669, см. таблицу).
    Не известно ниодного случая перестановки 2-х доменов местами, если один из доменов Shikimate_dh_N, но иногда Shikimate_dh_N находится внутри домена Shikimate_DH.

©Семенюк Павел