На главную страницу
На главную страницу второго семестра

Программа BLASTP

Поиск белка по его последовательности

Мой белок (AROE_ECOLI) в SwissProt:

Порядковый номер – первый
Score = 500
E-Value = 2e-141

Поиск в PDB:

1NYT|D, Chain D, Shikimate Dehydrogenase Aroe Complexed With Nadp+.
Начало выравнивания: остаток 1 (в обеих последовательностях)
Конец выравнивания: остаток 271 (в обеих последовательностях)
Identities = 100%
Score = 506
E-Value = 3e-144

Таким образом, по последовательности в обоих банках найден белок (или одна его субъединица), а также другие белки с хорошим выравниванием.

Поиск белка по его гомологу

Поиск белка AROE_ECOLI по его гомологу – AROE_VIBCH (последовательность в файле AROE_VIBCH.fasta):

AROE_ECOLI найден
Порядковый номер – восьмой в списке
Score = 236
E-Value = 7e-62
Начало выравнивания: остаток 5 в AROE_VIBCH и 1 в AROE_ECOLI
Конец выравнивания: остаток 274 в AROE_VIBCH и 270 в AROE_ECOLI
Identities = 50% (136/271)

Первый в списке белок – AROE_VIBCH

Поиск белка по фрагментам его последовательности

Использована искусственная последовательность из thirdprot.fasta.

Порядковый номер – первый
Score = 44,3
E-Value = 9e-05
Первое выравнивание (первый участок):
- Начало выравнивания: остаток 16 в "Query" и 156 в AROE_ECOLI
- Конец выравнивания: остаток 37 в "Query" и 177 в AROE_ECOLI
- Identities = 95% (21/22)
Второй участок:
- Начало выравнивания: остаток 1 в "Query" и 6 в AROE_ECOLI
- Конец выравнивания: остаток 20 в "Query" и 25 в AROE_ECOLI
- Identities = 85% (17/20)

Таким образом, по относительно небольшим кускам белка в SwissProt найден весь белок. Также найдено еще 4 хороших выравнивания, возможно, это гомологи. Если искать по важным участкам (например, определяющим пространственную структуру активного центра), вероятность гомологии будет очень высока.

Разные пользовательские интерфейсы BLAST

Впечатления: приятно.
Программа BLASTP на сервере EBI: суть та же, интерфейс другой. Сразу предлагается выбрать все параметры поиска, выравнивания и вывода результата. Больше выбор банков.
На сервере Пастеровского института: интерфейс, на мой взляд, менее удобный. Одна титульная страница для всех программ BLAST, меньше регулируемых параметров и результат присылается по почте.

Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?

С помощью программы BLASTP проведен поиск по банку данных Swiss-Prot для репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis (P36944, последовательность найдена с помощью SRS). Из 20 первых белков 5 – "ортологи" (без учета RBSR_BACSU), причем они находятся в верхней части списка. Таким образом, BLAST можно использовать как инструмент для поиска ортологов.