На главную страницу
На главную страницу третьего семестра

Банк EMBL

Сравнение разных записей в EMBL

C помощью SRS найдена информация о записях в банке EMBL.

Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
U00096	genomic DNA	STD	PRO	23-FEB-2006	Escherichia coli K12 MG1655, complete genome (полный геном Escherichia coli K12 MG1655)	4639675
U18997	genomic DNA	STD	PRO	30-DEC-1994	Escherichia coli K-12 chromosomal region from 67.4 to 76.0 minutes (участок хромосомы с 67.4' по 76.0')	372438
Y00710	genomic DNA	STD	PRO	12-MAR-1990	Escherichia coli aroE gene for shikimate dehydrogenase (EC 1.1.1.25) (ген шикимат дегидрогеназы)	819

Первые две записи описывают крупный кусок генома (первая – весь геном), соответственно длина последовательности велика. Третья запись – ген белка AROE_ECOLI, его длина в 3 раза больше чем длина белковой последовательности + 1 (впоследствии удаляющийся метионин).
Заметим, что сначала аннотирован ген белка, затем фрагмент генома и совсем недавно – полный геном.
Все записи относятся разделу "ПРОКАРИОТЫ"
Обозначение «67.4' по 76.0'» означает положение участка в кольцевой хромосоме, но единицы не совпадают с геометрическими минутами (1/60 градуса). Это время от начала конъюгации, на котором передается данный фрагмент.

Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

Выбрано 2 записи для дальнейшего изучения: Y00710 и U18997.

	I	II
ID записи	Y00710	U18997
Начало гена в записи	1	210766
Конец гена в записи	819	211584
Направление гена	прямое	обратное
Примечания*	Не указан штамм Escherichia coli. ID белка "CAA68700.1"	ID белка "AAA58078.1" (не совпадают!)


В графе

В файлах AROE_gene1.fasta и AROE_gene2.fasta содержатся нуклеотидные последовательности, кодирующие белок AROE_ECOLI, из этих записей.
Как показывает их выравнивание, построенное с помощью программы needle, они абсолютно идентичны (Identity=100%).

Знакомство с записью гена из эукариотического генома

В документе EMBL с идентификационным номером BA000025 был найден ген BAT3.
• Схематичная структура транслируемых участков:

   5'---[291393..291628]--...--[304801..304986]--->3'
   

• Общее число экзонов в гене 25.
• *Самый длинный интрон имеет длину 1069 нуклеотид, самый короткий – 22.
• *Самый длинный экзон имеет длину 291 нуклеотид, самый короткий – 29.

При выполнении последних двух заданий использована программа Ms Excel.