На главную страницу
На главную страницу четвертого семестра

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Обязательные упражнения

Поиск нужного термина в словарях GO

На сайте GO по заданному описанию вида и локализации (Caenorhabditis elegans, рибосома) найден наиболее подходящий термин GO.

• заданный вид: Caenorhabditis elegans, локализация:  рибосома
• выбран термин GO ribosome (идентификатор GO:0005840)
• онтология GO: Cellular component (компонент клетки)
• Рибосома – внутриклеточная органелла, около 200 A в диаметре, состоящая из белков и РНК. Это место, в котором происходит биосинтез белка (трансляция мРНК). Состоит из двух субъединиц, каждая из которых состоит только из белков и РНК. Характеризуется скоростью седиментации, изиеряемой в Сведбергах (S)... Рибосомы эукариотов, прокариотов, митохондриальные и хлоропластовые содержат индивидуальные белки...



Описание функции конкретного белка с помощью GOA

С помощью БД GOA описана функция белка AROE_ECOLI:

	Онтология GO (имя)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	---	0	нет данных
Зачем, для чего?	process	4 (2 из них совпадают (ID), но из разных БД)	Биосинтез ароматических аминокислот, шикимат-путь
Молекулярный механизм?	function	6 (3 совпадают, но из разных БД)	Белок проявляет шикимат-5-дегидрогеназную активность, есть НАДФ- и протеин-связывающие сайты
Специфичность?	function	3 (термины (ID) совпадают)	Шикимат (Shikimate), НАДФ+

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

Поставленная задача — оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белки группы "Caenorhabditis elegans рибосома"

Протеом Caenorhabditis elegans. Результаты поиска в UniProt, 18.03.2007 г.

	Количество записей	Запрос
Всего	23214	([uniprot-Species:Caenorhabditis*] & [uniprot-Species:elegans*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	3383	(([uniprot-Species:Caenorhabditis*] & [uniprot-Species:elegans*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]))
В том числе рибосомальные	46	(([uniprot-Species:Caenorhabditis*] & [uniprot-Species:elegans*]) & [uniprot-DBxref_:C:ribosome])
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS)	0	Species: Caenorhabditis & elegans DBxref_: "C:ribosome" DBxref_: (IDA: | TAS:) !(IC: | IEA: | IEP: | IGC: | IGI: | IMP: | ISS: | NAS: | ND: | RCA: | NR:)
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)	0	Species: Caenorhabditis & elegans DBxref_: "C:ribosome" DBxref_: IDA: | TAS:

Из таблицы видно, что данная группа в UniProt аннотирована плохо, всего одна запись с достоверным источником аннотации. Но и в этой записи присутствует менее достоверный источник (IPI).