Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

Построение дерева по алгоритму UPGMA. В качестве эталонное выравнивание Был взят файл benchmark.msf, т.к. полное выравнивание всей последовательности не сохранилось:                                                                                                                                                                                                                                             *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                           P C R A _ S T A A U   :   M N T E Q S E A V K T - T E G P L L I M A G A G S G K T R V L T H R I A Y L L D E K D V S P Y N - - - - - - - V L A I T F T N K A A R E M K E R V Q K - - -   :   6 7 R E P _ E C O L I _   :   L N P G Q Q Q A V E F - V T G P C L V L A G A G S G K T R V I T N K I A H L I R G C G Y Q A R H - - - - - - - I A A V T F T N K A A R E M K E R V G Q - - -   :   6 7 Q 4 6 5 3 8 _ B A C   :   L N P Q Q R A A V L Y - L D S P L L V I A G A G S G K T G V I T E K I A Y L I E S A H Y D A P N - - - - - - - V C A V T F T N K A A R E M L A R S R A - - -   :   6 7 A D D A _ B A C S U   :   W T D D Q W N A I V S - T G Q D I L V A A A A G S G K T A V L V E R M I R K I T A E E N P I D V D - - - - - R L L V V T F T N A S A A E M K H R I A E A L E   :   7 2 E X 5 B _ H A E I N   :   A E T I P L N P I T L P L N Q I S L I E A S A G T G K T Y T I G S L Y L R L L L K A G E N N F S R P L N V E E I L V V T F T E M A T E E L K K K I R E R I T   :   7 8                                   q     a 6                 L 6   A   A G 3 G K T   v 6             l 6                                 6     6 T F T n   a a   E 6 k   4                       1. Сначала былы создана матрица попарных эволюционных расстояний на основе матрицу попарных совпадений из дополнительного задания занятия №10, где расстояние D = 100 - P, где P - процент идентичности. Для построения дерева необходима матрица попарных эволюционных расстояний, где пошагово создаётся новая таблица, в которой ближайшие последовательности будут объединяются в один кластер. Весь путь более подробно описан в подсказках 14 задания, а подсчёты и матрицы находятся здесь UPGMA.xls. 2. Cкобочная структура получившегося дерева: ((((REP_ECOLI:0.205,Q46538_BANCO:0,205):0.0425,PCRA_STAU.0,2475):0.0925, ADDA_BACSU:0.34):0.0375, EX5B_HAEIN:0.3775); Получено 2 изображения дерева при помощи 2 программ drawtree и drawgram: Неукорененное дерево Укорененное дерево -Мне кажется , что укоренённое изображение лучше отражает моё представление о данном дереве, так как на этом рисунке виден корень, в котором по предположению программы произошло расхождение от некого общего предка, в отличие от неукоренённого, в котором предковый организм не известен. -от гипотетической общей предковой последовательности Rep_Ecoli произошли последовательности Q46538_BANCO, затем PCRA_STAU, затем ADDA_BACSU и затем EX5B_HAEIN. Получено дерево, построенное по методу ближайших соседей: Неукорененное дерево Укорененное дерево Была построена ещё одна пара деревьев, но уже скобочная структура дерева искалась не в ручную, а при помощи программы emma. Получен результат: неукоренённое дерево почти является копией аналогичного дерева, полученного в первом случае; чего нельзя сказать о укоренённом (из него видно, что обший предок уже PCRA_STAU, который даёт две ветви: Q46538_BANCO, REP_ECOLI и ADDA_BACSU, EX5B_HAEIN)