1. В базе данных SMART получено изображение доменной структуры белка EX5B_ECOLI. Белок состоит из одного домена urvd-halicase. Было получено эталонное выравнивание доменов, гомологичных данному UrvD-helicase.msf
2. Был создан файл, содержащий фрагмент этолонного выравнивания с толщиной 5 последовательностей и шириной в 80 остатков,Benchmark.msf (benchmark.html)

*

2

0

*

4

0

*

6

0

*

P

C

R

A

_

S

T

A

A

U

:

M

N

T

E

Q

S

E

A

V

K

T

-

T

E

G

P

L

L

I

M

A

G

A

G

S

G

K

T

R

V

L

T

H

R

I

A

Y

L

L

D

E

K

D

V

S

P

Y

N

-

-

-

-

-

-

-

V

L

A

I

T

F

T

N

K

A

A

R

E

M

K

E

R

V

Q

K

-

-

-

:

6

7

R

E

P

_

E

C

O

L

I

_

:

L

N

P

G

Q

Q

Q

A

V

E

F

-

V

T

G

P

C

L

V

L

A

G

A

G

S

G

K

T

R

V

I

T

N

K

I

A

H

L

I

R

G

C

G

Y

Q

A

R

H

-

-

-

-

-

-

-

I

A

A

V

T

F

T

N

K

A

A

R

E

M

K

E

R

V

G

Q

-

-

-

:

6

7

Q

4

6

5

3

8

_

B

A

C

:

L

N

P

Q

Q

R

A

A

V

L

Y

-

L

D

S

P

L

L

V

I

A

G

A

G

S

G

K

T

G

V

I

T

E

K

I

A

Y

L

I

E

S

A

H

Y

D

A

P

N

-

-

-

-

-

-

-

V

C

A

V

T

F

T

N

K

A

A

R

E

M

L

A

R

S

R

A

-

-

-

:

6

7

A

D

D

A

_

B

A

C

S

U

:

W

T

D

D

Q

W

N

A

I

V

S

-

T

G

Q

D

I

L

V

A

A

A

A

G

S

G

K

T

A

V

L

V

E

R

M

I

R

K

I

T

A

E

E

N

P

I

D

V

D

-

-

-

-

-

R

L

L

V

V

T

F

T

N

A

S

A

A

E

M

K

H

R

I

A

E

A

L

E

:

7

2

E

X

5

B

_

H

A

E

I

N

:

A

E

T

I

P

L

N

P

I

T

L

P

L

N

Q

I

S

L

I

E

A

S

A

G

T

G

K

T

Y

T

I

G

S

L

Y

L

R

L

L

L

K

A

G

E

N

N

F

S

R

P

L

N

V

E

E

I

L

V

V

T

F

T

E

M

A

T

E

E

L

K

K

K

I

R

E

R

I

T

:

7

8

q

a

6

L

6

A

A

G

3

G

K

T

v

6

l

6

6

6

T

F

T

n

a

a

E

6

k

4

3. По идентификаторам UniProt из benchmark.msf было получено с помощью SRS полные последовательности в формате Fasta, и сохранены в файле full_seq.fasta
4.При помощи программы ClustalW было построено множественное выравнивание последовательностей из full_seq.fasta clustalw.msf (clustalw.html)
5. Было проведено сравнение двух фрагментов выравнивания benchmark.msf и clustalw.msf. Число совпадающих колонок оказалось равно нулю, но в трёх последовательностях (PCRA_STAAU, REP_ECOLI и Q46538_BAC) совпадает 34 колонки, что говорит о некотором сходстве этих двух выравниваний.

*

2

6

0

*

2

8

0

*

3

0

0

*

3

2

0

P

C

R

A

_

S

T

A

A

U

:

N

H

M

N

T

E

Q

S

E

A

V

K

T

T

E

G

P

L

L

I

M

A

G

A

G

S

G

K

T

R

V

L

T

H

R

I

A

Y

L

L

D

E

K

D

V

S

P

Y

N

V

L

A

I

T

F

T

N

K

A

A

R

E

M

K

E

R

V

-

Q

K

L

V

G

D

Q

A

E

V

I

W

:

8

4

R

E

P

_

E

C

O

L

I

:

M

R

L

N

P

G

Q

Q

Q

A

V

E

F

V

T

G

P

C

L

V

L

A

G

A

G

S

G

K

T

R

V

I

T

N

K

I

A

H

L

I

R

G

C

G

Y

Q

A

R

H

I

A

A

V

T

F

T

N

K

A

A

R

E

M

K

E

R

V

G

Q

T

L

G

R

K

E

A

R

G

L

M

:

8

0

Q

4

6

5

3

8

_

B

A

C

:

D

Q

L

N

P

Q

Q

R

A

A

V

L

Y

L

D

S

P

L

L

V

I

A

G

A

G

S

G

K

T

G

V

I

T

E

K

I

A

Y

L

I

E

S

A

H

Y

D

A

P

N

V

C

A

V

T

F

T

N

K

A

A

R

E

M

L

A

R

S

-

R

A

R

L

K

K

R

A

H

G

L

T

:

1

0

2

A

D

D

A

_

B

A

C

S

U

:

L

E

L

T

K

A

P

G

G

P

A

P

R

A

D

N

F

L

D

D

L

A

Q

I

D

E

L

I

Q

H

Q

D

D

F

S

E

L

Y

K

R

V

P

A

V

S

F

K

R

A

K

A

V

K

G

D

E

F

D

P

A

L

L

D

E

A

T

D

L

R

N

G

A

K

K

L

L

E

K

L

K

:

3

2

0

E

X

5

B

_

H

A

E

I

N

:

K

A

D

L

G

K

D

L

Q

V

E

I

E

N

K

Q

A

L

S

V

P

I

Q

I

F

L

P

Q

Y

L

G

G

Y

Q

K

A

L

N

E

L

K

A

F

W

L

E

S

A

D

E

I

S

A

I

I

T

N

E

L

V

K

D

Y

P

K

D

Q

L

K

S

L

N

R

K

K

Y

Q

V

K

R

:

2

8

2

l

a

t

n

a

k